1、收費標準不同：單病種住院是指患者因某壹特定疾病住院治療，醫院按照固定的收費標準來計算費用，這種收費方式通常比普通住院費用更加透明、規範和有限制；
2、醫療服務範圍不同：單病種住院的醫療服務範圍相對較窄，主要是針對某壹特定疾病的治療，而普通住院則覆蓋了更廣泛的疾病類型和治療服務；
3、醫療保險報銷比例不同：因為單病種住院的費用更加規範和有限制，所以醫療保險對於單病種住院的報銷比例通常更高，而普通住院則需要患者自己承擔更多的費用；
4、治療時間不同：由於單病種住院是為了針對某壹特定疾病的治療，所以治療時間相對較短，而普通住院則需要更長的時間來治療和康復。
單病種報銷規則如下：
1、單病種報銷壹般是限額報銷，即社保機構認定該病種的治療費用為某壹個固定金額，不涉及到其中費用核算等。簡而言之就是明確規定某壹種疾病該花多少錢，從而既避免了醫療單位濫用醫療服務項目、重復項目和分解項目，防止醫院小病大治，又保證了醫療服務質量；
2、非單病種的話就要依據當事人的起付線、具體花費金額等進行核算，以核算結果為準進行報銷。
綜上所述，單病種醫保就是對單個病種實施的醫保政策，雖然我們國家有醫保政策，但是並不全面，只是對部分常見病實施醫保。而單病種醫保是對除了正常醫保外的其它壹些常見病和壹些邊緣性醫療科目列入醫保範圍，例如口腔疾病、失眠抑郁、婦科疾病、男科疾病以及耳鼻咽喉等常患的壹些疾病。
法律依據：
《中華人民***和國社會保險法》第二十八條
符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準以及急診、搶救的醫療費用，按照國家規定從基本醫療保險基金中支付。