（壹）辦公室
負責機關文電、會務、機要、檔案、政務公開、信訪、安全、保密、信息化、機關接待、後勤等工作。
（二）政策法規處（行政許可服務處）
承擔本部門規範性文件審核；承擔本部門行政復議、行政訴訟及行政執法監督等工作；承辦本部門行政許可及行政審批事項。
（三)餐飲服務監管處
承擔餐飲服務環節的食品監督管理工作；監督實施餐飲服務環節食品安全管理規範，參與重大活動餐飲食品安全保障。
（四）保健食品化妝品監管處
承擔保健食品生產、經營監督管理工作；負責化妝品生產、經營衛生監督管理；監督實施保健食品生產經營質量管理規範及化妝品衛生許可有關規範、化妝品衛生標準和技術規範；組織開展保健食品安全監測和評價。
（五）藥品安全監管處
監督實施藥品、藥品包裝材料法定標準及質量管理規範；具體實施處方藥與非處方藥分類管理制度；監督實施藥品不良反應監測制度；監督實施藥品生產、中藥材生產、醫療機構制劑、藥物非臨床研究和藥物臨床試驗質量管理規範；依法監管毒性藥品、麻醉藥品、精神藥品、放射性藥品和藥品包裝材料及容器。
（六）藥品流通監管處
監督實施藥品經營質量管理規範；監督實施藥品流通領域處方藥、非處方藥分類管理；負責藥品流通、使用環節的日常監管。
（七）醫療器械監管處
監督實施醫療器械標準及質量管理規範；負責轄區內醫療器械生產、經營企業的日常監管；配合實施醫療器械不良事件監測。
（八）藥品稽查處
組織實施藥品、醫療器械監督管理稽查制度；組織查處有關方面的違法行為；組織實施轄區內藥品、醫療器械的抽驗工作。
（九）規劃財務處
組織實施機關和直屬單位財務管理制度；組織編制機關和直屬單位的經費預算、決算草案；安排、管理有關項目經費；監管直屬單位的國有資產；承擔機關財務、行政事業性收費的監督管理工作；承擔直屬單位內部審計工作。
（十）組織人事處
負責機關和直屬單位的機構編制、人事及人員培訓等工作；參與組織實施執業藥師資格考試工作；負責機關離退休人員工作。
機關黨委負責機關和直屬單位的黨群工作。
另按有關文件規定設置紀檢監察機構。