亞急性甲狀腺炎的治療措施有很多，包括硫脲類藥物、促甲狀腺激素和抑制劑量的甲狀腺激素。使用這些藥物影響疾病進程的證據尚不令人信服。這種疾病沒有特殊的治療方法。腎上腺糖皮質激素對本病有顯著療效。發熱和甲狀腺疼痛往往在1 ~ 2天內迅速緩解，壹周後甲狀腺往往明顯縮小。潑尼松每日三四次，每次10mg，1 ~ 2周，之後每周逐漸減量5mg/d，持續1 ~ 2個月。停藥後，如有復發，可再次使用潑尼松治療，可加用甲狀腺片，尤其是甲減，每天可使用40 ~ 2個月。止痛退熱藥物如吲哚美辛對本病也有效。治療包括緩解局部癥狀和針對甲狀腺功能異常兩個方面。壹般來說，大多數患者只需要對癥治療。對於輕度病例，阿司匹林或其他止痛藥，如對乙酰氨基酚0.5g，3-4次/d，或水楊酸鹽0.65g，1次/4小時，可控制癥狀；如果48小時不見效，嚴重者如疼痛、發熱明顯者，可短期使用其他非甾體抗炎藥或皮質類固醇，如潑尼松，壹般每次10mg，每日三次，最多40 mg /d，可迅速緩解臨床表現。約5%的患者需要皮質類固醇緩解癥狀，繼續使用1 ~。如果患者24 ~ 48h對潑尼松無反應，應重新評估亞急性甲狀腺炎的診斷。在治療過程中，可檢測紅細胞沈降率的變化，以指導用藥。如果病情需要，再次開始使用潑尼松仍然有效。然而，皮質類固醇不會影響疾病的自然進程。如果皮質類固醇的劑量減少太多太快，會加重病情。也有人提出，如果繼續使用糖皮質激素，所用劑量會使患者在放射性碘攝入率恢復正常之前沒有任何癥狀，這可能會避免疾病的復發。甲亢患者壹般不用抗甲狀腺藥物治療。非特異性藥物，如口服阻滯劑心得安，每天高達30毫克，往往是有效的。因為這種伴甲亢的疾病是暫時性的，而且甲狀腺攝碘率低，所以不是放射性碘治療的適應癥。這些藥物破壞了甲狀腺激素的合成，但亞急性甲狀腺炎血液中過量的甲狀腺激素來自被破壞的濾泡漏出的T4和T3，而不是來自合成和分泌的增加，因此沒有必要使用硫脲類抗甲狀腺藥物。這種病的甲減期往往是暫時的，通常很少有甲減癥狀，所以不需要甲狀腺激素替代治療。此時TSH分泌的增加對甲狀腺功能的恢復很重要。除非患者甲減癥狀明顯，否則應禁忌甲狀腺激素治療。輕度甲減患者無需治療。但也提倡在甲狀腺功能低下時使用甲狀腺制劑，如L-甲狀腺素鈉0.1 ~ 0.1.5 mg/d，可防止因TSH升高導致病情再次惡化。如果病情嚴重，可以用甲狀腺激素替代壹段時間。約10%的患者可出現永久性甲減，需要長期甲狀腺替代治療。據說中醫對這種病的急性期有很好的治療效果。
(2)預後
這種病預後好，可以自然緩解。部分患者緩解後幾個月內可能會再次復發或多次復發。雖然反復發作不常見，但臨床上可能會遇到，但最終甲狀腺功能恢復正常。然而，局部甲狀腺不適可持續數月。通常在病後數周或數月，大部分患者的甲狀腺功能指標恢復正常，但濾泡儲碘功能恢復非常緩慢，臨床完全緩解後可持續1年以上。永久性甲減的發生率小於10%，對於以前做過甲狀腺手術或自身免疫性甲狀腺炎的患者來說容易發生。極少數病例可發展成慢性淋巴細胞性甲狀腺炎或毒性彌漫性甲狀腺腫。