半夜，湯姆和哈克貝利去墓地“試驗”用死貓治療疣的方法時，意外遇到了壹起命案。羅賓遜醫生、印第安·喬和醉漢發生了爭執。壹怒之下，印第安·喬殺了羅賓森醫生，並把這起謀殺歸咎於昏迷的波特。當時嚇得要死的湯姆和哈克發誓要保守秘密。
後來，因為貝基生他的氣，湯姆和他的好朋友喬·哈佩爾壹起離開了家，和哈克壹起乘木筏去壹個島上當“海盜”。鎮上的人們不知道他們要去哪裏，以為他們淹死在河裏了。在他們葬禮的那天，他們三個“奇跡般地”出現了。湯姆成了學校的英雄。
不久後，法院終於審理了這起謀殺案——當所有人都認為兇手是波特時，湯姆克服恐懼，舉報了印第安·喬，而喬卻當場逃跑了。
壹天，湯姆和哈克走進河邊的壹所舊房子。他們上了樓，過了壹會兒，他們看見兩個人下樓來。原來是那個印度人和他的同夥。這兩個人從某個地方得到了很多錢，並把它們埋在地下。沒想到，我從地上挖出壹個盒子，打開壹看。裏面裝滿了錢。然後印度人聽到了壹個聲音，他懷疑有人在樓上。當樓梯坍塌，印第安人無法上樓時，湯姆和哈克不知如何是好。
後來，湯姆發現印第安·喬住在壹家客棧裏，他和哈克趁印第安·喬不在，把錢箱搬走了。幾天後，貝基、湯姆和其他壹些朋友去“野餐”。他們來到迷宮般的麥克杜格爾洞穴玩耍。
當天晚上，哈克發現印第安·喬和他的同夥正在往山上搬東西。哈克認為他們壹定轉移了資金，遠遠地跟著他們。印第安人來到壹個寡婦的別墅，試圖殺死她。哈克敲了壹戶人家的門，救出了寡婦。
鎮上的人都以為他們死在山洞裏了，波利月經和撒切爾壹家都很難過。直到有壹天半夜——鎮上突然變得喧鬧起來——湯姆和貝基被發現了！原來，湯姆拿著綁在石頭上的風箏線探路，終於找到了壹個出口。最後被幾個好心人送了回來。
洞被封住了。湯姆知道後，就把山洞裏印第安·喬的事告訴了貝基的父親撒切爾法官。法官帶人去查看了壹下，洞門被打開了，但是印第安人喬已經餓死了。
後來經過分析，湯姆認定寶藏是被印第安人喬藏在山洞裏的。於是他和哈克溜進了山洞，根據他們無意中聽到的描述，他們發現了壹個百寶箱——裏面有壹萬二千多元！哈克救了莊園寡婦，寡婦很喜歡哈克，就把哈克當養子。從此，湯姆和哈克成了鎮上的“英雄”。