1，輻射消毒:利用穿透力強、能量大的射線進行殺菌消毒，如鈷60的γ射線。
2.化學藥品消毒:用高活性氧化劑或烷化劑消毒，如環氧乙烷、環氧丙烷、甲醛、活性氯等。消毒後，化學藥品應充分分布，以消除殘余的毒藥。
3.用化學藥品消毒:在播種前和播種後將化學藥品施入土壤，目的是防止種子攜帶疾病和土傳疾病的傳播。主要應用方法如下:
(1)噴灑或澆水法。將藥物用清水稀釋到壹定濃度，用噴霧器噴灑在土壤表面，或直接澆灌到土壤中，使藥液滲透到深層土壤中，殺死土壤中的細菌。噴灑農藥處理土壤適用於田間、苗圃營養土、草坪更新等。灌溉法適用於果樹、瓜類、茄類作物的灌溉和各種作物苗床的消毒。常用的消毒劑有魯恒1和2等。用於防治苗木病害，效果顯著。
(2)毒土法。先把藥配成毒土，再施藥。毒土的制備方法是將農藥(乳油、可濕性粉劑)與壹定濕度的細土按比例混合。有毒土壤的施用方法有溝施、穴施和撒施。
(3)熏蒸。通過使用土壤註射器或土壤消毒器將熏蒸劑註射到土壤中，並用諸如薄膜的覆蓋物覆蓋土壤表面，該覆蓋物在封閉或半封閉的設施中擴散以殺死細菌。土壤熏蒸後，待藥劑充分散發後才能播種，否則容易發生藥害。常用的土壤熏蒸消毒劑有溴甲烷和甲醛。該方法可應用於設施農業中的草莓、西瓜和蔬菜的種植，以及幼苗的苗床和綠色草坪的種植。
4.太陽能消毒:方法是在溫室或田間收獲作物後，將田間老株連根拔起，多施有機肥，然後將地面翻平。7、8月份氣溫達到35攝氏度以上時，用透明吸熱膜覆蓋。土壤溫度可升至50 ~ 60攝氏度，密封15 ~ 20天，可殺滅土壤中的各種病菌。這種方法適用於我國北方常年種植草莓、西瓜和花卉的大棚。
5.蒸汽熱消毒:土壤蒸汽熱消毒是用蒸汽鍋爐加熱，通過導管向土壤輸送蒸汽熱能，從而提高土壤溫度，殺滅致病菌，達到防治土傳疾病的目的。這種消毒方法需要復雜的設備，並且只適用於經濟價值高的作物，並且在苗床上的小面積中應用。
6.暴露消毒:暴露土壤消毒滅菌對於小型花壇和業余花卉栽培愛好者來說，是壹種經濟、方便、有效的消毒滅菌方法。操作方法是夏天把土均勻地鋪在水泥地面或其他硬地面上，放在太陽下暴曬至幹。夏季，直射光下的硬地面溫度可達60℃以上，最高可達75℃。可殺死土壤中的壹些病原菌、害蟲的若蟲和成蟲，以及其他動物的幼蟲，以及發芽或即將發芽的雜草種子，此外還可使蛞蝓、蝸牛爆裂，導致蚯蚓、蚊蚋、馬陸等的幹死。如50%多因靈可濕性粉劑或65%代森鋅可濕性粉劑500-600倍液空中噴霧壹次，可加入50%辛硫磷乳油或40%氧化樂果乳油1000倍液，並與噴霧混合，起主導或輔助殺蟲殺菌作用為佳。暴露滅菌適用於所有盆花土壤。
土壤滅菌又稱土壤消毒，是壹種高效、快速殺滅土壤中的真菌、細菌、線蟲、雜草、土傳病毒、地下害蟲和嚙齒動物的技術，可以解決高附加值作物的連作問題，顯著提高作物的產量和品質。