引起鯽魚爛鰓病的原因有很多，細菌、寄生蟲、病毒、水質等因素都可以引起鯽魚爛鰓病。藥物的使用因疾病的來源而異。有時候鯽魚鰓爛了，但壹直沒查出病因是什麽，就開始盲目用藥。俗話說，錯誤的用藥不會治好病，反而可能會加重病情。殺蟲劑本身毒性很大，亂用的結果不僅沒有消滅病原體，還會破壞水質健康，削弱魚類體質，從而引發其他疾病。所以要正確認識不同原因引起的爛鰓病的不同癥狀。
鯽魚爛鰓的原因很多。這裏主要說鯽魚細菌性爛鰓病和寄生蟲引起的爛鰓病。
細菌性爛鰓病:顧名思義，就是細菌引起的爛鰓病。其主要表現為:病魚遊動緩慢，呼吸困難，食欲不振，顏色變黑，鰓蓋內表面常充血發炎，中部侵蝕成圓形或不規則的透明窗口，俗稱“開天窗”。
寄生蟲引起的爛腮:引起鯽魚爛腮的寄生蟲主要有斜管蟲、輪蟲、小瓜蟲等寄生蟲。其引起的主要疾病有:病魚鰓蓋內表面組織壹般無損傷和充血；由於鰓絲組織受損，呼吸供能受損，容易導致魚因缺氧浮頭，導致魚遊動緩慢，變黑。
鯽魚爛鰓病發病率高，感染快，死亡率高。當魚出現爛鰓病時，就要采取治療措施，更不用說能否治愈了。而且農藥或者殺菌劑都是劇毒的。破壞了水質之後，改善水體是另壹個工程。