發病原因還不完全清楚，以下因素與發病有關。
1，解剖因素
骶尾部擡起的孩子，直腸是垂直的，腹部受壓，直腸脫垂是缺乏支撐的。直腸前突腹膜後低，是由於腹腔內的壓力和直腸前壁的腸袢對直腸脫垂壺腹的壓迫所致。老年人肌肉松弛，分娩時會陰撕裂或分娩也會引起直腸脫垂。
2.腹內壓增加
長期便秘、腹瀉、慢性咳嗽、排尿困難可引起腹內壓升高，可導致直腸脫垂。近年來，國外研究發現直腸脫垂常伴有精神或神經系統疾病，兩者之間的關系尚不清楚。有人認為，當神經系統病變時，控制和調節排便的功能受損，直腸慢性擴張，對糞便刺激的敏感性減弱，導致便秘，控制排便的能力下降。排便時的異常用力削弱了肛提肌和盆底組織的功能，也是直腸脫垂的常見原因。
3.系統因素
營養不良的兒童，坐骨直腸窩內的脂肪消失，使直腸失去了外周支撐和固定功能，括約肌群的收縮力也減弱，使直腸容易從肛口脫出。
4、局部組織解剖因素
①骶骨不彎曲，骨盆對嬰兒來說不夠前傾。直立位時，直腸、肛管、腹腔內壓力增大，直腸沒有骶骨支撐，壓力直接作用在肛管上，容易滑下。
②外周肌肉支撐力弱，肛提肌和盆底肌支撐力弱。
③黏膜松弛，直腸黏膜與肌層的粘連比較松散，黏膜容易從肌層上滑落。
5.成因
腹內壓的任何長期或突然增加都會導致直腸脫垂。如經常便秘、腹瀉、百日咳、包莖和膀胱結石、長期慢性咳嗽等疾病，往往是引起脫肛的原因。壹些疾病如腰骶部脊髓脊膜膨出或損傷，包括意外和手術損傷，引起直腸周圍括約肌和肌肉或神經功能的功能障礙，直腸失去支撐和腹壓增加時可發生直腸脫垂。
6.其他人
手術創傷引起腰骶神經麻痹，肛門括約肌松弛，直腸黏膜脫垂。