抗厭氧菌藥物主要是硝基咪唑，包括甲硝唑和替硝唑。由於其價格便宜，副作用小，不易產生細菌耐藥性，所以應用廣泛，其中甲硝唑的使用量最多，但細菌對甲硝唑的耐藥性也在增加。對於厭氧菌感染，應使用甲硝唑或替硝唑。
在治療壹些感染性疾病時，有時甚至使用高級抗生素，效果並不好，反而導致菌群失調，加重病情。這種情況可能是因為我們忽視了對厭氧菌的處理。因為甲硝唑還原的中間產物對氧氣非常敏感，在有氧環境下容易失活，所以只對厭氧菌起作用。而厭氧菌感染多為混合感染，即厭氧菌和需氧菌混合，兩種細菌相互促進生長。因此，在治療厭氧菌感染時，應使用對需氧菌和厭氧菌分別敏感的藥物，壹般與頭孢菌素類聯合使用，以提高療效。
因為厭氧菌培養需要壹定的條件和時間，所以醫生往往在得出實驗結果之前就做出抗厭氧菌治療的決定。因為感染的常見部位是口腔、腹腔、腸道、盆腔，當這些部位發生感染性疾病時，壹般會使用抗厭氧菌藥物進行治療。另外，當膿液或滲出物有腐蝕性氣味或甜味時，說明厭氧菌感染的可能性較高。“口腔裏蛀牙比較多，有利於細菌生長。”首都醫科大學附屬北京朝陽醫院口腔科主任陳說，研究表明，成人牙周炎中革蘭氏陰性厭氧菌的比例約為75%。
在口腔醫學的炎癥治療中，抗厭氧菌藥物被廣泛使用。主要用於以下方面:慢性成人牙周炎，口服甲硝唑或替硝唑，壹周後停藥，藥效可維持1-2周；慢性牙周炎急性發作，或厭氧菌引起的嚴重感染性疾病，如頜面部間隙厭氧菌感染、上頜竇炎等。，需聯合其他抗生素，靜脈滴註3-5天。胃腸道組織幾乎處於半封閉狀態，供氧不好，容易滋生厭氧菌。首都醫科大學附屬北京友誼醫院普外科主任張忠濤介紹，由於腸道蠕動，大部分細菌被送入下腸，因此末端回腸和結腸的細菌含量較高，其中99.9%為厭氧菌。
做直腸結腸手術時，容易造成腸管破裂，或者需要手術切斷，這樣裏面的厭氧菌才能進入腹腔。為了防止感染，這類手術前壹般口服壹天甲硝唑藥物防止感染，術後三天繼續靜滴。
對於被汙染的外科手術，如各種腸破裂的急診手術，腸道內的厭氧菌感染腹腔的可能性很大，可在術中註入甲硝唑液進行浸泡和沖洗。“甲硝唑最早用於治療陰道毛滴蟲，故又稱甲硝唑。後來發現這種藥也有很好的抗厭氧作用。”首都醫科大學附屬北京婦產醫院陳副主任醫師介紹，由於盆腔組織靠近直腸和肛門，容易感染厭氧菌；盆腔解剖較深，環境相對封閉缺氧，厭氧菌容易繁殖。在這種特殊環境下，幾乎大部分女性生殖道感染都不排除厭氧菌感染，因此抗厭氧菌藥物被廣泛用於婦科抗感染治療，包括盆腔炎、陰道炎等。
治療陰道炎時，壹般采用口服結合局部用藥，7天為壹個療程；盆腔炎常與其他抗生素合用，7-10天為壹個療程。
甲硝唑可能導致胎兒畸形，妊娠和哺乳期前三個月最好不要用，但陰道栓劑相對安全。
段主任最後表示，抗厭氧菌藥物的副作用主要是消化道反應，如惡心嘔吐；也可能出現錐體外系反應，如頭痛、頭暈；對肝腎功能無明顯損害，相對安全。
其他抗生素，如青黴素、氯黴素、克林黴素、頭孢菌素、泰諾等。，還具有抗厭氧作用。但這些藥物抗菌譜廣，容易導致菌群失調、黴菌感染等，因此並不專門用於厭氧菌感染的治療。▲