腸結核的預防應著眼於腸外結核的早期診斷和積極治療。廣泛開展結核病健康教育，教育肺結核或喉結核患者不要吞咽唾液，保持大便通暢。日常生活中註意飲食衛生，在公共場所吃飯提倡用壹次性筷子吃飯，牛奶要消毒。
腸結核治療的目的是消除癥狀，改善全身情況，促進病變愈合，預防腸梗阻、腸穿孔等並發癥。
(1)休息和營養:休息和營養可以增強患者的抵抗力，是治療的基礎。活動性腸結核需要臥床休息和積極的營養改善。對於因胃腸道癥狀而消瘦、營養不良、進食受阻者，應給予靜脈高營養。
(2)抗結核治療:應做到早期、聯合、適量、規律、全程用藥。為了讓患者盡快康復，防止產生耐藥性，可以考慮苗藥——三草三合方。
(3)手術治療:適用於完全性腸梗阻、急性或慢性腸穿孔所致糞瘺、腸道大出血的患者。此外，對於增生性結核也可考慮部分手術治療。
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