這壹時期，許多中獸醫學著作被編纂出版，形成了中國古代中獸醫學的學術體系。在中獸醫方藥、傳統獸醫針灸、家畜傳染病和寄生蟲病防治、獸醫外科學等方面均有建樹。
明朝朝廷非常重視獸醫的發展。永樂大典編纂了獸醫百科全書。成化年間，兵部編了六卷類比馬經。後來，太仆寺楊慶石橋編輯了14卷馬經和12卷牛經。
由於政治和軍事的需要，明朝廷在長江下遊的六州兩州大力開展養馬，並多次規定要培訓基層獸醫。正是在這種情況下，著名的獸醫於和於出現了。
於、於本恒兄弟二人合著《元亨療馬集》、《元亨療牛集》，出版於1608，由兵部尚書丁斌作序。書中的理論體系與臨床實踐緊密結合，指導臨床實踐，自不言而喻成為馬病治療的經典之作，影響深遠。
韓國人趙軍等人根據元代中獸醫書編撰了《新綜合馬藥方》和《新綜合牛藥方》，成書於1399年，現存版本為1633。這本書不可多得，可謂壹套珍貴的資料。
這兩個藥方是趙軍等人用中文寫的。書中引用了許多中國古代獸醫的經典著作，約7萬字。全書共64節，附圖47幅。內容包括馬醫方和牛醫方兩部分，內容豐富。
比如馬醫方子的內容有畜牧的，比如好馬圖，好馬紡毛圖，示馬法，示牙法，養馬法，還有獸醫學的，比如放血，點痛論，姜子牙論，十八重病論，五勞論。
清朝初期，由於耕牛的需要，牛科學有了很大發展。《元亨療傷馬集》在1667再版時，為適應時代要求，將《水牛經典》《駱駝經典》全集合並為壹冊。
後來重新編輯時，增加了《安紀紀紀》等古籍的部分內容，刪除了《斷金四十七論》中的21理論，編成《馬經》六卷、《牛經》兩卷、《駱駝經》1卷，定名為《馬、牛、駱駝經全集》。因為作序，內容主要來源於《療馬集》，簡稱“許”。
1758年，清代醫學家趙學敏編纂了《傳雅》，分為《傳雅內篇》和《傳雅外篇》。它是中國歷史上第壹部關於民間驗方醫學的專著，揭示了驗方醫學的永恒秘密。其中《川雅外編》還列舉了藥用鳥類、藥用動物和鱗片。
清代乾隆年間的獸醫郭懷西，於1785年撰寫了《新註馬牛駝經全集》。本書對《牛經全集》進行了全面的修訂和補充，雖然實際上是壹部新作。該書繼承和發展了元亨治馬的內容，在我國畜牧獸醫史上占有重要地位。
《新註牛駝經全集》是《元亨療馬集牛駝經》的註釋本，簡稱《全集》。縱觀兩部著作的全貌，可以看出，《全集》是作者結合50多年的醫學實踐，對《元亨集》的大量修正和補充。整合了《許定》、《徐旭》等前代版本的內容，增加了《黃帝內經》、《童淵論》、《元元塞要》、《健脊全書》、《安吉全書》等內容，使《元亨集》在深度和廣度上有所發展，反映了清代獸醫學發展的概況。
清朝乾隆年間太仆寺官李南輝編著了《百獸愛舟》，以牛、水牛疾病為重點，選編了馬病、豬病、羊病、狗病、貓病等。
清嘉慶初年，由中國著名獸醫傅樹峰主編的《養牛場集》於1800年問世，進壹步補充和發展了牛的針法。該書集中了作者幾十年的診療實踐經驗，繼承和發揚了中國獸醫學的傳統思想和方法。在理論和臨床經驗上有獨到見解，對當時和後世的獸醫學發展產生了很大影響。
楊分為兩部分，第壹部分講述針灸，第二部分記錄處方。如果針打不到，吃藥祛病；如果藥到不了，用針灸治病；針灸和醫學相輔相成。
楊對牛的腧穴圖進行了修訂和補充，記述了40多個腧穴的正確位置、深度和手法，以及各穴所指的病癥。
並分別論述了吊黃、破牛黃、火針、燙針、透火針、皮風泄針、放血針、咳嗽針、漏腕針、治頰黃針等20余種相應的特殊針法。
這本書出版之前，國內只有壹張《牛體穴位圖》，缺乏文字描述。這本書填補了這壹空白，使牛體針灸形成了壹個完整的體系。
《陽》列舉了98種疾病及針對每種疾病的方劑。方中常使用幾種當地草藥，並根據鄱陽湖地區的氣候變化列出了四時用藥規律的方藥。
在楊之後，陸續出現了金鑒、抱犢雞、牛精北藥、大武精、牛馬解痙歌等方劑。隨著當時養豬業的發展，《豬經全集》也得以編纂出版。
至此，我國中醫獸醫的診療對象已經擴展到各種畜禽。中國獸醫獨特的體系和辨證論治原則得到了進壹步的深化和發展，形成了中國古代完整的中獸醫學學術體系。