除炎癥反應外，扁桃體隱窩內通常還有表皮上皮和食物殘渣。這些物質被稱為扁桃體栓塞物質，大部分會自然脫落並被吐出或吞食。少數使扁桃體隱窩栓塞的物質堆積量大，不能自然脫出，所以會有明顯的異樣感覺。扁桃體栓塞不好處理，醫生有專業職能，但是清理比較簡單，但是容易復發。目前沒有有效的預防措施。每天註意口腔衛生。飯後刷牙和漱口可以減少栓塞的發生。如果經常發生，影響生活，就需要手術切除。
口腔依賴性好，易造成殘留物、細菌殘留等結石。而且還伴有壹些慢性炎癥。由於扁桃體反復慢性化，容易引起口腔隱窩擴大，使分泌物、食物殘渣、細菌殘渣、表皮上皮等引起鈣化形成結石。其他藥物如降壓藥、抗抑郁藥等引起唾液分泌減少，唾液可用於沖洗口腔食物殘渣。唾液減少後，不容易及時洗去殘渣，容易發生扁桃體結石，這就是扁桃體結石的原因。
我們通常稱之為扁桃體小的結石，質地疏松，容易被壓碎。這不是結石的醫學定義。醫學上對扁桃體結石的定義是非常罕見的，比普通栓塞物大，不能像結石壹樣被壓碎。手術後發現只能切除扁桃體，否則CaSO無法清洗扁桃體。扁桃體脂肪酶是扁桃體內的病理性鈣沈積，通常由慢性扁桃體炎引起。扁桃體結石較大時，常伴有咽痛、異物感、耳痛等不適。通常沒有明顯的臨床癥狀，容易漏診、誤診，主要依靠口腔全景片或斷層掃描。