牛黃上清丸的處方為人工牛黃、菊花、連翹、荊芥、白芷、薄荷、黃芩、黃連、黃柏、大黃、梔子、石膏、赤芍、生地、當歸、川芎、冰片、桔梗和甘草。
方中人工牛黃性涼，有清熱解毒、消腫止痛之功，是清熱解毒之佳品，故為君藥。菊花、連翹涼風熱，清熱解毒；荊芥穗和白芷解表、祛風、消腫、止痛；薄荷能祛風清熱，利咽解毒。諸藥皆有散火邪之能，意為“火郁”，故為臣藥。黃芩、黃連、黃柏、大黃、梔子性苦寒，清熱利濕，解毒瀉火，涼血消腫，清三焦實火；石膏能清除陽明經實熱邪；赤芍、生地、當歸、川芎有涼血活血、升頭目、祛風止痛的作用；冰片能散郁火，清咽，清耳，明目，以助清上焦邪熱，透郁火，為佐藥。桔梗輕飄，攜藥上行；甘草調和諸藥，* * *為藥。諸藥合用，起到清熱瀉火、祛風止痛的作用。
本品具有清熱瀉火、祛風止痛的功效。用於治療熱盛火盛引起的頭痛、頭暈、目赤耳鳴、咽喉腫痛、口舌生瘡、牙齦腫痛、大便幹燥等癥。
常用於
1.頭痛是熱毒過盛，風火上襲所致，癥狀為頭痛、頭暈、面紅目赤、口幹口苦；原發性高血壓和血管神經性頭痛患者見上述綜合征。
神經性頭痛主要指緊張性頭痛、功能性頭痛和血管神經性頭痛，多由精神緊張和憤怒引起。主要癥狀為持續的頭痛、壓迫感和沈重感，部分患者主訴頭部有“緊繃”感。多數患者為雙側頭痛，多在顳側、枕部、頭頂或整個頭部。頭痛的性質是鈍痛、脹痛、壓迫感、麻木、帶狀緊縮感。
2.眩暈癥是熱毒過盛，風火發作所致，癥狀為頭暈、目赤、目赤、耳鳴耳聾；具有上述癥狀的原發性高血壓。
眩暈是壹種主觀感覺障礙，患者感覺自己或周圍物體旋轉或晃動，常伴有客觀平衡障礙和全身無意識障礙。眩暈在臨床上分為前庭系統性眩暈和非前庭系統性眩暈。
3.暴熱為熱毒過盛，風火上攻，挑起肝火，攻上頭目，目癢流淚，目赤眼白，頭痛身熱，口渴尿赤，舌苔黃，脈浮；有上述癥狀的急性結膜炎。
正常情況下，結膜具有壹定的防禦能力，但當防禦能力減弱或外界致病因素增多時，就會引起結膜組織炎癥，統稱為結膜炎。按病程可分為超急性、急性、亞急性、慢性結膜炎。
細菌性結膜炎:表現為明顯的結膜充血並伴有膿性分泌物，有異物感、灼痛感、輕度畏光等癥狀，但視力不受影響。分泌物可帶血，眼瞼結膜上可見壹層灰白色薄膜。這種膜可以用棉簽擦掉，但是很容易再生。
病毒性結膜炎:表現為結膜充血水腫，出血點，伴有水樣或粘稠分泌物，伴有流淚和異物感。角膜可能因細小白斑、混濁而影響視力，或引起同耳前淋巴結腫大壓痛。
4.喉痛是熱毒、風火犯、熱火積聚、循經蒸喉所致。癥狀為咽喉腫痛、頭痛、體熱、小便黃、大便幹燥、舌苔黃、脈數；急性咽炎伴上述綜合征。
咽炎是咽部黏膜和黏膜下組織的炎癥，往往是上呼吸道感染的壹部分。根據病程長短和病變性質，可分為急性咽炎和慢性咽炎兩大類。
其中，慢性咽炎是壹種發展緩慢的慢性炎癥，常與鄰近器官或全身性疾病並存，如鼻竇炎、腺樣體殘留或瀦留性膿腫、滑囊炎等。急性咽炎是咽粘膜的急性炎癥，影響粘膜下層和淋巴組織。它通常繼發於急性鼻炎或急性扁桃體炎，或者是上呼吸道感染的壹部分。
5.口瘡、食糜是由熱毒、風火侵襲，積熱引火生毒，聚集口腔所致。癥狀為粘膜充血發紅，水腫迸裂，滲出疼痛，口幹口渴，身痛乏力，小便短赤，舌紅苔黃，脈數。急性口腔炎、復發性口瘡見上述證候。
復發性口瘡是口腔黏膜疾病中最常見的潰瘍病，中醫早有記載，歸為“口瘡”，患病率約20%，居口腔黏膜疾病之首。因為有明顯的灼痛感，所以冠以希臘詞“口瘡”——灼痛。該病周期性復發但有自限性，即1.2周內自愈，愈後不留疤痕。這是壹個孤立的，圓形或橢圓形的淺表潰瘍。潰瘍進展到高峰時有劇烈的自發性灼痛，受刺激加重。頻繁反復發作多限於某壹年齡段，如青春期或經期女性或絕經後。
6.牙宣是熱毒過盛，風火攻心，熱鬥劇烈，牙齦堆積所致。癥狀為牙齦紅腫、出血滲血疼痛、口幹口渴、口臭、口熱、便秘、小便黃、舌苔黃、脈數；伴有上述綜合征的急性牙齦炎。
牙齦炎是指邊緣牙齦、乳頭牙齦和附著牙齦的疾病，局限於牙齦組織而不損害牙齦深層組織，不包括牙齦其他疾病的表現。
牙周炎是壹種慢性感染性疾病，涉及四種牙周支持組織(牙齦、牙周膜、牙槽骨和牙骨質)，常導致牙周支持組織的炎癥性破壞。牙周炎主要分為慢性牙周炎、侵襲性牙周炎、反映全身性疾病的牙周炎和壞死性牙周病。
7.牙癰是熱毒過盛，風火再襲，積熱化火為毒，經經絡至冠周牙齦。癥狀為牙齦充血腫脹，滲出膿液，劇烈疼痛，口熱口臭，張口受限，便秘，小便黃，舌苔黃厚，脈實；急性智齒冠周炎伴上述綜合征。
冠周炎是指萌出時阻生牙或正常牙的冠周組織發生化膿性炎癥，也稱“冠周炎”。由於人類物種的發生和進化，下頜骨退化，導致下頜智齒阻生。下頜智齒未完全萌出，冠面覆蓋牙齦瓣。壹旦感染，容易引起牙冠周圍軟組織炎癥，稱為智齒冠周炎。此病中醫早有記載，稱之為“合風”或“齒絞痛”，對其癥狀描述較為準確。
服用的註意事項
1.陰虛火旺引起的頭痛、頭暈、牙痛、咽喉痛等不宜使用。
2.孕婦要慎重服用。
3.本品性寒，易傷胃氣。兒童、老人和體弱者，以及軟便者慎用。
4.用藥期間飲食宜清淡，忌辛辣油膩。
5.服藥期間不宜同時服用溫補中成藥。
6.本品用於治療喉炎、口瘡、乳糜口、齲齒、牙癰時，可配合外用藥物使用，增強療效。
7.註意保持口腔清潔衛生，勤漱口，減少致病菌的滯留。
8.服用本品後有藥疹和過敏性休克的報告。
9.對本品過敏者禁用。
服用和劑量藥丸:口服。水丸壹次3g，蜜丸壹次1丸，壹日兩次。
膠囊:口服。壹次吃三片，壹天兩次。
片劑:口服。壹次四片，壹天兩次。