克羅恩病的病因是經絡堵塞。中醫治療方法經絡疏通療法。活動期間宜臥床休息，給予高營養低渣飲食。重癥者應暫時禁食，糾正水、電解質和酸堿失衡，采用腸內或腸外高營養支持。貧血可以補充維生素B12、葉酸或輸血。低白蛋白血癥可輸入白蛋白或血漿。柳氮磺胺吡啶水楊酸鹽、腎上腺皮質激素或6-巰基嘌呤等藥物對控制活動期癥狀有效。解痙、鎮痛、止瀉、控制繼發感染也有助於緩解癥狀。補充多種維生素和礦物質，可以促進體內酶和蛋白質的合成，同時可以保護細胞膜。
2.西醫治療
(1)水楊酸柳氮磺吡啶和5-氨基水楊酸(5- ASA)適用於慢性期和輕中度活動期患者。壹般認為，SASP不能防止克羅恩病的復發。5-ASA可以用於那些不能忍受SASP或過敏。對於直腸、乙狀結腸和降結腸病變，SASP或5-ASA制劑可用於灌腸和肛門用藥。SASP和5-ASA制劑不適用於嚴重肝腎疾病患者、嬰幼兒、出血性體質和對水楊酸制劑過敏的患者。
(2)腎上腺皮質激素常用於中、重度或暴發性患者。不能耐受口服者，可靜脈註射氫化可的松或甲基強的松龍或ACTH，14天後可口服潑尼松維持。通常在急性發作得到控制後盡快停用，或隔日口服潑尼松或聯合SASP或s-ASa作為維持治療。藥物保留灌腸，如腐植酸氫化可的松、0.5%普魯卡因、生理鹽水、直腸緩慢滴註等，也可與SASP、s-ASA或錫粉等藥物聯合使用，妊娠期也可使用。
(3)其他免疫抑制劑如硫唑嘌呤、6-磺基嘌呤(6MP)、環孢素、FK506等。可代替左旋咪唑、幹擾素、轉移因子、卡介苗和免疫球蛋白使用或與它們聯合使用。此外，還可使用甲硝唑(甲硝唑)、廣譜抗生素和單克隆抗體。