在《海邊的城市》中，被害人龔敏傑身上共有17處刀傷，集中在胸腹部，其中左胸壹處，右肋下腹壹處，均為致命傷。是什麽促使兇手殘忍地殺害死者？
就在調查開始的時候，壹條發到龔敏傑手機上的短信引起了警方的註意。發短信的人是張本，他是壹名醫生，與死者在同壹家醫院工作，是市政法委副書記張佗的弟弟。從對張本的審訊中，張本承認了他與龔敏傑有不為人知的私情。這是譚華復仇的動機嗎？犯罪分子逃離現場的工具是熱愛登山的譚華的登山繩。就連龔雅潔兒的姐姐龔潔也突然舉報說，在她的電腦裏發現了譚華和其他女人通奸的照片...
突然，譚華找不到足夠的證據證明他當時不在犯罪現場，情況變得越來越不利。警察要求譚華交出他的槍，這對剛剛失去妻子的譚華來說無疑是雪上加霜。
此時，真兇白江和馬長水正幸災樂禍地策劃著更大的陰謀...在譚華無法證明自己不在犯罪現場的不利條件下，市局決定對譚華進行48小時提審。雖然譚華不能同意高層的決定，但他不能不服從高層的指示。
在整個提審過程中，辦案人員的問題主要集中在譚華與龔敏傑、張本的三角關系上，這讓譚華非常氣憤。
在48小時的提審中，譚華經常在休息室裏試圖分析案情，不斷琢磨許多事情的來龍去脈。他想到不久前有人給他壹封匿名信，信中提到了他的情人龔敏傑和他的醫院同事張本之間的關系。
在提審譚華的過程中，警方在譚華家樓下的灌木叢中發現了譚華沾滿血跡的警服，血型鑒定屬於死者龔敏傑。譚華說，那天他不在，因為他以前的線人王平有事要告訴自己，但在譚華褲兜裏發現的要求見面的紙條不是王平寫的。
在市局的案件討論會上，傅學友等人覺得有犯罪的可能，高和趙啟德有所保留，但大家都知道法律面前人人平等。如果兇手真的是譚華，沒有人能包庇他。但是照片的檢測結果已經出來了，譚華通奸的照片是偽造的。
48小時提審時間到了，對譚華的提審沒有任何進展。警方暫時解除了對譚華的審訊，並提醒譚華在此期間不要惹上麻煩。負責跟蹤譚華的盧建中被譚華巧妙地甩掉，但譚華的壹切行動也被犯罪分子牢牢盯住。
這時，譚華徑直去了小雨的美發店。他找到王平，問她為什麽要陷害自己。誰是幕後黑手？但王平說他什麽都不知道，只知道有人給自己1600元給譚華寫了這樣壹張紙條，紙條上的字是孫梅寫的。
馬長水得知譚華去找王平了，就用密碼給王平發了壹條信息。譚華把王平帶回了公安局，但是王平的態度發生了180度的變化，說他沒有寫任何紙條，更不用說讓孫梅寫了。接著，孫梅失蹤的消息傳來。
龔敏傑的父母和姐姐龔潔對譚華非常反感，堅持認為是他導致了龔敏傑的死亡。譚華無法解釋，所以她不得不懷著極其復雜的心情離開。
隨著案情的發展，警方決定對譚華家(案發現場)進行復查，希望能找到更多的線索或者找到任何目擊者。這時，王平突然被李寶光和白強帶走了。
為了取證和調查，譚華以腎結石需要手術為借口住進了佑海醫院，這引起了張本和馬長水之間的緊張關系。在公安局內部，傅學友派人隨時監視著譚華。
有人報警說在海邊的壹個涵洞口發現了壹具女屍，警察趕到了現場。死者是不久前失蹤的孫梅。裝屍體的編織袋裏有壹種粉末狀的物質，是幹的。
譚華壹個病房的八張床都是龔敏傑治療過的。通過與八床和病案管理員蘇誌成的接觸和交談，譚華越來越意識到妻子的死與毒品有關。
在醫院裏，譚華和馬長水擦肩而過，他敏感地意識到這個人和他以前抓過的犯人馬長山很像。
深夜，在醫生辦公室，譚華偷偷打開龔敏傑的電腦，發現了壹份名為《調查》的文件，裏面記錄了壹些患者的名字和病歷，都是巴創患者和譚華之前提到的。這時，張本出現在譚華身後...第二天，當譚華找到機會重新打開電腦時，名為“調查”的文件被刪除了。市政法委副書記張佗給趙啟德打電話，指出公安局太偏袒譚華，影響很壞，讓趙啟德感到壓力。
警察突然審問張本的情人蔣菲，他承認張本追求龔敏傑是給別人看的，這證明張本壹開始就撒謊了。
譚華私下與敏傑的同事王成英討論了原始文件的內容，並查看了患者的簡歷，疑點逐漸清晰。他的行為引起了馬長水及其團夥的緊張，他們派人悄悄在譚華服用的藥物中下毒。
譚華服藥後突然發病，經過緊張搶救才穩定下來。他馬上意識到有人對他下了毒，但這也堅定了他必勝的信念。隨著事態的發展，譚華越來越覺得妻子龔敏傑的死與毒品有關。他意識到毒品有時候是壹種武器，但是殺人不見血。
壹個病人剛剛在醫院去世了，壹個非常年輕漂亮的女孩。譚華想起電腦檔案中龔敏傑對她的治療，立即去她家向父母了解情況。患者服用過的壹種百宗膠囊引起了他的註意。
白強的助手李寶光被捕，經過警方審訊，孫梅的死因被揭開。綜合各種疑點，白強和馬長水被警方抓獲。在審訊李寶光的過程中，民警突然反應過來，幹的亂七八糟就是制假藥的原料。看來這絕不是壹起簡單的殺人案，幕後還有更大的陰謀。
譚華註意到，在調查文件中出現的所有病人都服用了白宗膠囊。為此，他去壹些病人家裏進行暗訪。結果確實有患者吃了這個藥後有反應，但少數例子並不能說明問題。張本對譚華不斷的調查極為震驚。
塞爾集團的老板鮑宇同帶著他的兒子肖劍去海邊遊樂園玩。看到雙腿殘疾的兒子，鮑雨桐不禁想起馬長水和他為了逃避警察，不得不把兒子丟在身後的場景。突然，他感到內疚，希望盡可能地彌補兒子。
在醫院找到了另壹位服用過百宗膠囊的患者，並從市立醫院的孟醫生那裏得知，宣傳過百宗膠囊的莫教授非常了解這種藥物的真相，於是他決定立即去找莫教授。譚出了醫院，馬長水派的兩個打手騎著摩托車突然飛來，打下壹記悶棍，躲閃不省人事。
經過搶救，龔潔不再對他的姐夫有偏見，並去醫院看望他。但臨走前，勸他多關心壹下女兒。當譚華得知她的女兒開始學著逃學時，他震驚了。
塞爾集團召開會議，辯論是否繼續維持馬長水的假藥生產線。在鮑雨桐心裏，她對馬長水還有壹份刻骨銘心的牽掛。畢竟他們有過壹段感情。莫教授被的突然來訪弄得措手不及。壹開始，他很抗拒。然而，在的壹再詢問下，莫教授開始懷疑賽爾集團生產的百宗膠囊的質量。他致電張本和賽爾集團總工程師葉繼洲，但張本和葉繼洲均予以否認。
通過壹起偶然的販毒案件，從罪犯口中得知龔敏傑當晚在交易現場遇到了譚華，基本洗清了譚華的罪名。
此時，塞爾集團正面臨著壹款新產品——抗衰老延壽營養液的上市。集團要爭取市裏3億的投資，包玉通盡全力去調和各方面，絕不希望這個時候出什麽問題。
趙啟德向龔潔詳細解釋了譚華的經歷，尤其是譚華和另壹個女人偷情的照片是偽造的。龔潔懊悔不已，決定利用在塞爾工作的便利，盡力幫助譚華。這時，莫教授給派出所打來電話，願意接受高和石的詢問。
他承認在沒有對百宗膠囊進行檢測和臨床實驗的情況下，同意以自己的名義和肖像在報紙上做廣告，並表示龔雅潔之前確實就百宗膠囊的事情找過自己，但當時很矛盾，怕藥有問題，不願意小題大做。莫教授離開派出所後，警方決定立即聯系及相關部門對醫藥集團進行聯合突擊檢查。意想不到的是，從突擊檢查中趕來的他聽說莫教授已經和公安局談過了，要求立即停止廣告。這個消息也傳到了塞爾集團。
當譚華回到家時，她打開了龔敏傑的電子郵件，看到了壹些回信。這些信件顯示，不僅有4個在友海醫院發現的重癥病例與服用百宗膠囊有關，而且她的兩個同學證明，其他地方的兩個重癥患者可能服用了百宗膠囊。這壹切讓譚華發現，他的妻子生前壹直為此四處調查，不禁確定妻子的死與毒品有很大關系。
譚華已經很久沒有關心過她的女兒了。壹大早，他開車送女兒上學，孩子壹直流著淚向媽媽打聽消息，他心都碎了。
面對公安局的調查，賽爾集團辯稱可能是別人造假，賽爾也是受害者。高看到假藥樣品後立即去了藥店，但藥店裏的白宗膠囊壹下子就賣光了。
包玉通對常市長來集團指導工作感到非常高興。她詳細介紹了塞爾的長期經營計劃，並積極向銀行貸款3億，用於新的抗衰老延壽口服液的上市。但私下裏，她非常清楚假冒百宗膠囊可能帶來的危害。
就在這時，張本不見了。藥檢局的結果都是正常的。塞爾集團非常配合工作，派保衛處副處長賈蘭陪同民警到市場調查。在調查過程中，確實發現了假冒的白宗膠囊。經藥監局檢查，確實存在問題，擅自添加了壹些其他成分。藥監局馬局長決定要求各地查找並取締這種假藥。同時又說假藥生產水平很高，不是壹般小廠生產的，所以不能排除賽爾集團的嫌疑。
有人報告發現壹具屍體，死者是王平。高等人詢問李寶光後，認為仍是白強所為，目的是掩蓋犯罪事實。警察開始對白強撒網。
盧·石亨主動向警方舉報了壹個制造假藥的窩點，但第壹次行動卻是空手而歸。譚華開始認為盧·石亨在和警察玩遊戲。
嚴昊家的親戚，塞爾集團財務部的壹名工作人員，因為服用百宗膠囊而昏迷，她開始懷疑該公司生產的藥物。就在嚴昊極度不穩定的時候，她接到了張本打來的以做假賬、受賄為名的恐嚇電話，要求嚴昊匯50萬到她的賬戶上，並威脅說如果事情敗露誰也沒有好下場。
葉紀周來到莫教授家，說明與警方合作後，造假者已被挖出，塞爾的罪名已被洗清。他希望繼續得到莫教授的支持，並給他寄去2萬元酬金。嚴昊懷著復雜的心情告訴鮑雨桐，他的親戚因為服用白宗膠囊而出事了。鮑雨桐表面平靜地安慰嚴昊，暗地裏要求樓石亨等人嚴格掌握假藥環節。
婁見到了馬長水，對事態的發展感到擔憂。馬長水堅持要見鮑雨桐，樓找了個理由搪塞馬長水。
譚華通過壹個賣假藥的人設計並輕松抓獲了另壹名毒販。在對毒販的審訊中，毒販拒絕解釋任何問題。那天晚上，毒販被麻醉致死，譚華已經意識到裏面有叛徒。
根據各種線索，譚華認為這家假藥廠就在當地。與此同時，電視上播放了對白強和馬長水的通緝令。
開始對這個組織產生了懷疑，最後終於忍不住把內部的壹些事情告訴了丈夫田。田主張報警，但覺得會被抓，不願意報警。就在這時，張本又打電話來催促嚴昊趕快匯款。嚴昊覺得她正坐在火山口上。
在辦公會議上，譚華和傅學友就自我可能存在的欺詐行為展開了激烈的爭論。雋雋已經知道了她母親被謀殺的真相。深夜，譚華強強忍悲痛，安慰雋雋要學會堅強。雋雋終於撲進譚華的懷裏，哭了起來。
嚴昊送張本654.38萬余元到臨江。譚華在醫院門口迎接了嚴昊，譚華希望嚴昊能配合她的工作。這壹切都在樓、黃靜等人的監視之下。盧·石亨用電話威脅嚴昊，並在嚴昊的房子裏安裝了竊聽器。
塞爾集團董事長鮑宇同正在努力為該市籌集3億美元的投資。她告訴盧·石亨，無論付出什麽代價，我們都必須確保塞爾能安全地得到這座城市的巨額投資。但當她得知馬長水在外面繼續生產假白宗膠囊，已經引起了警方的註意，她非常生氣，當面罵了馬長水壹頓。
馬主任帶著來到壹戶人家，看到這戶人家是如此的悲慘，以至於殺死孩子的鄉村醫生失去了他的孫女。馬主任想讓明白，是馬長水和鮑雨桐把假藥賣給了這個村醫。
鮑雨桐突然發現運動員的腿有意識了，她欣喜若狂。她最大的願望就是兒子能離開輪椅站起來。