古人也很註重用糞便入藥，不是隨便用的，比如麻雀糞便，中醫稱之為白丁香。辛、苦、溫，有化積消霾之功效。可用於治療疝氣、成癮、結膜充血、翼狀胬肉、齲齒等疾病。它的藥物需要經過特定的加工過程。關於白丁香的炮制方法，《雷公炙論》記載:“采之何處，去生附子之兩面，不用之，然後在碗中碾成粉末，煎甘草湯壹夜，去上清液甘草，焙之以備。”《滇南本草綱目》中記載:“雀糞為白丁香，直立於地上，為白色，方可使用。可見，並不是所有的麻雀糞便都能直接入藥。”
除此之外，還有很多常見的中藥是用動物糞便入藥，幫助醫生返老還童。如五靈脂、龍葵、望月砂、桑蠶、龍涎香、鷹鉤藤、鴿子拜亞等。目前臨床常用的婦科病名方“石消散”出自清代張錫純《西醫學熱心錄》，以復齒飛鼠之糞入藥。五靈脂味苦、鹹、甘、溫。入肝經分血，長於疏通血管。與蒲黃配伍，具有活血化瘀、散結止痛的功效。臨床上常用於治療痛經、冠心病、高脂血癥、宮外孕、慢性胃炎等。現代研究證實，五靈脂能減輕血管內皮損傷程度，延長凝血酶時間、凝血酶原時間和部分激活凝血活酶時間。說明該藥具有明顯的活血化瘀、保護血管的作用。
除了糞便可以入藥外，尿液也是臨床治療疾病的中藥。李時珍的《本草綱目》記載了多種與人尿有關的中藥，如人中百、溺白壹、秋石等。它的用途從肺痿到痔瘡。孫思邈《千金方毅》說“人尿主血攻，又主病積”，“黑牛尿主口渴、黃疸、水腫、腳氣、尿路梗阻”。
現代醫學也越來越重視排便的治療作用。尿激酶是西醫常用的溶栓藥物，是從健康人尿液中分離出來的壹種酶蛋白，對治療新形成的血栓有很大的醫學價值，見效快，效果好，可預防血栓形成。