客觀來說，目前的準分子激光手術安全性是比較高的。與最早的鉆石刀放射狀角膜切開術治療近視相比，其安全性有了質的飛躍，10多年的大量臨床實踐充分證明了這壹點。可以說激光手術治療近視在國內已經比較成熟了。但是任何手術的成功率都不可能是100%，就像隱形眼鏡容易感染，對視力有害壹樣，框架眼鏡鏡片破碎造成的外傷也是致盲的原因之壹。根據《美國眼科雜誌》的文章，這種眼科手術的失敗率為1/10，國內大部分屈光手術專家持不同意見。當然，好的手術設備，操作者熟練的操作和豐富的經驗，以及患者良好的配合，是手術高安全性的基礎。
任何手術都有風險，近視激光手術也不能完全避免並發癥。最常見的並發癥是過矯或欠矯，應觀察壹定時間，視情況再手術；有的人可能出現眩光，即夜間將壹個光點視為光簇或光暈，術後角膜組織間輕微水腫反應或夜間瞳孔較大，其邊緣接近手術邊緣，可逐漸減輕。圓錐角膜出現在有這種潛力或者術後角膜太薄的人群；由於對目標凝視不佳，可能出現偏心切割，或因角膜表面水蒸氣漩渦的作用而出現中央島；PRK和LASEK手術後，由於長期使用抗Haze藥物，可能會出現角膜Haze和激素性高眼壓。LASIK有角膜瓣相關的並發癥，如瓣下異物、角膜瓣移位溶解、散光增加、幹眼等。最嚴重的是手術中角膜傷口的感染。雖然很少發生，但卻是致盲的直接原因，所以嚴格的手術消毒制度和患者良好的衛生習慣非常重要。術後還應定期檢查眼睛，特別註意黃斑區和周邊視網膜的變化，以便未雨綢繆。