健康人的胃腸道中生活著多種微生物，稱為腸道菌群。腸道菌群按壹定比例組合，細菌相互制約，相互依存，形成質和量的生態平衡。壹旦機體內外環境發生變化，表現為長期應用廣譜抗生素，抑制了敏感的腸道細菌，不受抑制的細菌趁機繁殖，從而引起菌群失調，其正常的生理組合被破壞，產生病理組合，從而引起臨床癥狀，稱為腸道菌群轉化。這種疾病的發病率約為2% ~ 3%。
處理措施
全身支持的功效:對於大手術患者，術前註意補充營養，或肌肉註射丙種球蛋白，提高機體免疫功能。研究表明，肌肉註射免疫球蛋白可以增加結腸內的乳桿菌和雙歧桿菌，減少壹些條件致病菌。也可以嘗試註射轉移因子、免疫核糖核酸、胸腺肽等。，或者可以用IL-2，每次肌肉註射50,000 U，10天為壹個療程，可以連續使用。
兩種治療原因:如先天性巨結腸、膽囊炎引起的腸球菌過度繁殖；由維生素缺乏引起的腸球菌減少或消失；小腸蠕動過快導致的酵母菌過多等。，壹定不能去掉這些原因，然後支持正常菌群，才算有效。
3.菌群療法的調整:
1.飲食調整:發酵性腹瀉應限制碳水化合物；對於感染性腹瀉，應限制蛋白質的攝入。要加強腸黏膜的局部防禦屏障功能，防止細菌移位，應增加纖維性食物。
2.抗生素:立即停用原抗生素。根據菌群分析和抗菌藥物敏感試驗，選擇合適的抗生素，抑制過度繁殖的細菌，從而間接支持腸道繁殖不足的細菌。另外，可以用廣譜抗菌藥物破壞大部分腸道細菌，然後註射正常腸道菌群的菌液，使其恢復。
3.活菌制劑:目前常用的活菌制劑有嗜酸乳桿菌、保加利亞乳桿菌、乳酸乳桿菌、枯草芽孢桿菌、糞鏈球菌、大腸桿菌、糞芽孢桿菌、枯草芽孢桿菌。其中乳桿菌分叉制劑療效最好。枯草芽孢桿菌制劑的療效也不錯，其治療機制可能是該菌為好氧性，能吸收氧和氧，降低腸腔氧化還原電位，支持厭氧菌(擬桿菌、乳桿菌)生長，從而間接支持正常菌群。還可用於治療葡萄球菌引起的偽膜性腸炎，取得了良好的效果。乳桿菌屬。制成的乳酸乳球菌具有良好的臨床應用效果。適用於正常腸道菌群繁殖不足的耐藥菌株做制劑，也是調節腸道菌群失調的有效方法。目前最新的生物制品麗珠常樂(回春生膠囊)是雙歧桿菌制劑。藥物研究表明，該制劑具有屏障、內黴素控制、營養、抗腫瘤、免疫增強和抗衰老的作用。
4.菌群促進劑:口腔菌群促進劑也可以支持正常菌群。如果用乳糖來支持腸桿菌，用葉酸來支持腸球菌，兒童經常用雙歧桿菌因子來促進雙歧桿菌的生長。半乳糖苷酸被細菌分解形成乳酸或乙酸，降低pH值，抑制其他細菌，支持乳酸菌生長。
5.耐藥腸球菌制備:日本木黑等通過增菌傳代培養獲得對鏈黴素、紅黴素、四聯體、氨芐青黴素耐藥的鏈球菌Bio-4r菌株。動物和人體實驗表明，該菌株對多種抗生素具有耐藥性，因此可以防止其他菌群的異常繁殖，克服菌群失調，改善糞便異常，療效比以往單獨抗生素治療更快，並能防止糞鏈球菌Bio-4r菌株的耐藥因子轉移到大腸桿菌K-12菌株。
6.中醫:中醫認為“泄瀉之源，皆因脾胃”。急性腹瀉多為偏瀉，責任在脾胃；慢性腹瀉多為虛，影響脾腎。前者應清熱燥濕，後者應健脾補腎。中藥中的退熱解毒藥對體液免疫有作用，如蒲公英、白花蛇舌草可促進抗體產生，魚腥草可增加備解素濃度，備解素、C3、Mg++組成的制劑體系可在壹定程度上殺滅誌賀氏菌、沙門氏菌、綠膿桿菌等革蘭氏陰性桿菌，是機體產生抗體前重要的非特異性免疫防禦功能。在中醫辨證治療腸道菌群失調時，應考慮上述藥物的作用。在清熱祛濕、益氣健脾、和胃滲濕、溫腎健脾的方法上，效果比較理想。
原因論
飲食因素:通過測定細菌酶來研究菌群的代謝活動。結果表明，日糧可以明顯改變糞便菌群。不含纖維的食物會促進細菌移位。對大鼠進行了Spaeth G研究。結果表明，膳食纖維能夠維持腸道菌群的正常生態平衡，細菌代謝纖維的終產物對腸道上皮細胞具有營養作用，纖維能夠維持腸道黏膜細胞的正常代謝和細胞動力學。Hosoda等報道含纖維的低殘留飲食對保存腸道的結構和功能有良好的作用。尚不清楚纖維的保護作用是直接刺激腸粘膜還是誘導營養胃腸激素的釋放。膳食纖維可以減少細菌移位，但不能使屏障功能恢復正常。
菌群的變化因素:菌群組成可以因人而異，但對於同壹個人來說，菌群組成在很長壹段時間內都是非常穩定的。每個菌株的生態狀態是由宿主的生理狀態、細菌之間的相互作用和環境的影響決定的。在平衡狀態下，所有的生態位置都被占據。細菌的臨時棲息地會改變生態平衡。
藥物代謝因素:腸道菌群在許多藥物的代謝中起著重要作用，包括乳果糖、柳氮磺胺吡啶水楊酸鹽和左旋多巴。任何抗生素都可以引起結腸菌群的改變，這取決於藥物的抗菌譜及其在腸腔內的濃度。克林黴素和氨芐青黴素可造成大腸內的生態真空，使艱難梭菌增殖。H2受體拮抗劑如西咪替丁的應用可導致藥物誘導的低胃酸和胃中的細菌增殖。
四年齡因素:隨著年齡的增長，腸道菌群平衡可發生變化，雙歧桿菌減少，產氣莢膜梭菌增加。前者可能減弱免疫功能的刺激，後者可能導致毒素增加，抑制免疫力。老年人如果能在年輕時維持腸道菌群平衡，或許能提高免疫力。
胃腸道免疫功能障礙的五大因素:胃腸道的正常免疫功能來自於黏膜固有層中的漿細胞，漿細胞可以產生大量的免疫球蛋白，即分泌型IgA，是阻止胃腸道細菌入侵的主要物質。壹旦合成單體，或二倍體IgA，或胃腸粘膜合成分泌片的功能受損，導致胃腸分泌物中缺乏分型IgA，小腸內需氧菌和厭氧菌可過度繁殖，導致菌群失調，出現慢性腹瀉。在無癥狀的IgA缺乏中，小腸中的菌群也可以過量產生。新生兒菌群失調發生率高，可能也與免疫系統發育不成熟或不完善有關。
病變
細菌過度生長:胃腸道的解剖和生理異常會導致近端小腸結腸叢的增生，導致各種代謝紊亂，包括脂瀉、維生素缺乏和碳水化合物吸收不良。可伴有小腸假性梗阻、硬皮病、糖尿病自主神經病變、慢性營養不良等。小腸內細菌過度生長，多種厭氧菌(主要是擬桿菌屬、雙歧桿菌屬、微球菌屬、腸球菌屬和梭菌屬)可水解結合膽鹽，導致形成膠束，肝硬化，無明顯代謝紊亂的胃酸過少等。廣泛小腸切除術後，結腸菌群的改變可導致D-乳酸酸中毒伴神經功能不全。應用廣譜抗生素，特別是克林黴素和氨芐青黴素，可使艱難梭菌增殖，產生壹種蛋白質，引起結腸黏膜壞死和潰瘍，稱為偽膜性結腸炎。
兩種細菌產生IgA分解酶:溶血性鏈球菌、綠色鏈球菌、肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌、腦膜炎雙球菌、淋病雙球菌等細菌能產生分解IgA的蛋白酶，能分解人血清中的IgA1和初乳中的分泌型IgA。其中，前兩種情況的細菌是構成口腔菌群的主要細菌，後四種情況是在附著粘膜表面增殖的高毒性病原體。可見，IgA蛋白酶作為黏膜表面的永久細菌，對於這些細菌的存活或致病非常重要。
腸道菌群與肺結核癌癥:結腸菌群產生多種具有代謝活性的酶，在某些天然產物、食品防腐劑、染料、添加劑、汙染物等轉化為致突變物質的反應中起中介作用。許多細菌由於長期與底物接觸，可以增加細菌酶系統的活性。如果底物是致癌原，長期接觸會增加致癌物的產生。
臨床表現
有癥狀的身體疾病
該病主要臨床表現為嚴重腹瀉或慢性腹瀉。在抗生素治療過程中，如果突然出現腹瀉或原有腹瀉加重，就可能發生這種疾病。腹瀉多為黃綠色水樣便，有時像雞蛋樣。真菌感染可為泡沫樣稀便，有魚腥味，膿血便；葡萄球菌感染可壹天排出黃綠色稀便3 ~ 20次以上，並伴有腹脹腹痛，嚴重嘔吐腹瀉可伴有脫水、電解質紊亂、血尿素氮升高、血壓下降；白色念珠菌感染通常從上消化道開始，擴散到小腸甚至肛周。鵝口瘡往往是白色念珠菌腸炎的最早信號。如小腸黏膜糜爛或潰瘍，可引起多次無臭黏液膿性糞便，有時出現水樣腹瀉，伴有消化不良，如不及時治療，可擴散至呼吸道、泌尿道甚至腦組織。銅綠假單胞菌感染可產生藍綠色熒光素使糞便呈綠色，但不經常引起腹瀉。部分病例糞便中有粉末，壹般腹痛較輕，少數病例伴有惡心、嘔吐、水電解質紊亂過多，嚴重者可出現休克。部分遊客可能會因氣候和環境變化而出現腸道菌群失調，俗稱水土不服。近年來，由於冰箱的廣泛使用，壹些家庭儲存了大量的肉類食物和稀疏的食物。存放時間過長使食物變質，食後引起腸道菌群失調，引起嘔吐、腹瀉，有時會導致註意力不集中，甚至恍惚。
腸道菌群失調的常見臨床癥狀如下:
白色念珠菌腸炎:是腸道菌群失調最常見的壹種。多見於瘦弱嬰兒、消化不良、營養不良、糖尿病、惡性腫瘤患者以及長期使用抗生素或激素的患者。
葡萄球菌性腸炎:多見於長期使用抗生素(四環素、氨芐西林等。)、腎上腺皮質激素以及接受腸道手術的老年患者或慢性病患者。
產氣莢膜梭狀芽孢桿菌引起的急性壞死性腸炎:產氣莢膜梭狀芽孢桿菌產生的β-黴素可引起急性壞死性腫瘤、消耗性疾病，使用抗生素和皮質類固醇時最易發生感染。
銅綠假單胞菌腸道感染:銅綠假單胞菌是壹種條件致病菌，常為繼發感染，最易發生於嬰幼兒、老年人、部分惡性腫瘤、消耗性疾病以及抗生素和皮質類固醇的使用。
變形桿菌腸道感染:變形桿菌在壹定條件下可為條件致病菌，如普通桿菌、奇異桿菌、摩根變形桿菌等，均可引起食物中毒，而變形桿菌在夏季可引起嬰幼兒腹瀉。
肺炎桿菌腸道感染:當機體抵抗力下降或其他原因時，正常寄生在腸道內的肺炎桿菌可引起感染，尤其是小兒嚴重腹瀉。
輔助檢查
菌群分析:作為主要的檢驗方法，有定性分析和定量分析兩種。
1.定性分析:同壹般微生物檢驗，如葡萄球菌糞便塗片革蘭氏染色可發現成堆的陽性葡萄球菌和中性多形核細胞，糞便培養可生長大量葡萄球菌。白色念珠菌腸炎可用其病理材料直接塗片，氫氧化鉀溶液處理，革蘭氏染色，顯微鏡下可見成簇的橢圓形白色念珠菌。革蘭氏染色陽性，細胞內染色不均，細菌培養可形成奶油色光滑菌落，有酵母味。但除了三度失衡(即菌群交替)，其他高比例很難分析。所以除了定性檢查，還需要進壹步的定量檢查來判斷數值是否正常。
2.定量檢查:首先要將糞便勻漿，按壹定比例稀釋，培養後計算各種細胞的菌落數，得出細菌總數，比較麻煩，壹般實驗室很少使用。用於正常菌群分析的培養基要求有較高的選擇性，如腸道致病菌用S培養基，腸道需氧革蘭陰性桿菌用伊紅亞甲藍培養基，葡萄球菌用7.5%氯化鈉瓊脂，真菌用鮑氏瓊脂。除需氧培養外，必要時還需進行厭氧培養。好氧培養同壹般細菌培養，厭氧培養采用生物厭氧法或厭氧罐法。
腸鏡:腸黏膜呈彌漫性充血、水腫，血管分支模糊或消失。有散在的糜爛性潰瘍和出血，有時還附著黃色的假膜。
預防
抗生素的合理使用。對於年老體弱和慢性消耗性疾病，使用抗生素或激素時，應嚴格掌握適應證，最好做藥敏試驗，選擇最敏感的抗生素。對於病後老、瘦、弱者，應配合抗生素使用乳桿菌或雙歧桿菌活菌制劑和維生素B或維生素C，防止腸道菌群失調。大手術前要註意配合全身支持療法，如改善營養、輸血、肌肉註射丙種球蛋白、服用維生素等。
預後
腸道菌群失調的癥狀除了嚴重的嘔吐、腹瀉、脫水、失血、毒血癥甚至休克外，壹般預後良好。