病原菌隨病寄主越冬或越冬，菌絲和菌核在田間和土壤中的病殘體上越冬或越冬，成為下壹季侵染寄主植物的主要菌源。在適宜的溫度下，濕度和降雨量是灰黴病流行的關鍵因素。露地大蔥在秋季苗期即可發病，冬季發病緩慢，春季再次蔓延，達到高峰。冬春多雨，降水多，病情重。選擇地勢平坦、排水方便的肥沃壤土作為苗床和種植地。雨後及時排水。當土壤濕度高時，淺耕會分散水分。合理密植，加強肥水管理，大田種植消滅病苗，早期拔除田間系統病株，運出場外焚燒。
合理密植輪作。及時清理農村，減少傳染源。患病和殘疾的植物應及時焚燒，以防止細菌的傳播。多施有機肥，少施化肥，特別是氮肥，增施磷鉀肥，增強植物抗病能力。定期耕作，保證洋蔥地通風透光良好。雨季及時排水，防止高濕低溫。蟲害地區應進行作物輪作，收獲後應徹底清除蟲害殘留物。多雨地區可推廣毀田、壟作、高畦栽培，雨季可及時排水，避免田間積水。因為灰葡萄孢容易產生抗藥性，所以要盡量減少給藥劑量和次數。需要使用藥物時，應註意輪換或交替混合。