肛管癌多表現為肛管浸潤性潰瘍，潰瘍邊緣質地略硬；在上肛管內，腫瘤有時可呈息肉狀，但周圍仍可見浸潤性改變。
發生在肛管下部的腫瘤，往往進展迅速，癥狀明顯。肛門內可見明顯腫塊，或腫塊位於陰道後部，常累及肛門、直腸遠端及其他鄰近組織器官(如陰道、前列腺)。15% ~ 20%的患者，腫瘤可累及盆直腸間隙，可表現為肛周膿腫或瘺管。
肛周癌也可見腹股溝淋巴結腫大，有時為首次，此時患者可能沒有任何癥狀。但腹股溝淋巴結腫大常被誤診為炎性淋巴結腫大或疝，延誤了肛周癌的及時治療。
少數病例確診為肛周癌時有肝轉移。
臨床階段
1.分期標準
(1)位置:肛周腫瘤主要包括肛管腫瘤和肛周腫瘤。但這兩個部位與腫瘤的界限有時很難區分，所以目前相關數據報道可能並不壹致。
根據國際癌癥控制聯盟和美國癌癥協會(IUAC/AJCC)的1987標準，肛門邊緣區是指皮膚皺紋與肛門粘膜之間的連接處或稍遠的區域。
肛管是指從肛門直腸到肛門邊緣的區域。由於內括約肌的擠壓，肛門邊緣呈齒狀，包括移行上皮和齒狀線。但肛門交界區兩側界限不清，肛門過渡部長度不完全相同，可以在齒狀線上，也可以在齒狀線下。
(2)分期方法:肛管癌的分期方法很多，但沒有統壹的分期方法。臨床分期主要依據術後腫瘤浸潤深度；超聲分期(1991年提出)主要是根據超聲重建圖像，根據腫瘤大小、體積、肛周淋巴結來確定浸潤深度。根據IUAC/AJCC標準，肛緣腫瘤屬於皮膚癌。
(3)肛周皮膚癌的TNM分期。
(4)肛緣腫瘤的分期。
(5)肛管癌的TNM分期。
2.臨床分期的判斷
(1)臨床分期的依據:正確的臨床分期取決於合理正確的檢查。肛門直腸指檢和直腸鏡檢查對了解肛周腫瘤的位置和大小有重要價值。經陰道觸診周圍組織，對了解病變是否浸潤，特別是判斷直腸陰道側是否受侵，是否有淋巴結腫大非常有幫助。如果患者在檢查時感到明顯疼痛，可考慮在麻醉下進行；對於腫大的腹股溝淋巴結，細針抽吸活檢也是可行的；對於高度懷疑的病變，如果穿刺結果為陰性，應進行手術活檢。
(2)肛管癌的臨床分期。
超聲內鏡(EUS)可以知道病變侵犯的深度和周圍的淋巴結。根據手術判斷腫瘤浸潤深度往往受組織水腫和炎癥程度的影響，可能存在壹定誤差。EUS對判斷分期更準確，並能測量淋巴結的大小。如果淋巴結大於1cm，可以認為是轉移的表現。此外，還可以對腫大的淋巴結進行EUS下的細針活檢。
雖然EUS多用於分期研究，但為了使分期更準確，有時需要依靠其他檢查，如經陰道超聲檢查，對判斷直腸陰道壁是否受侵有重要意義。
腹部和盆腔CT有助於了解肝臟、盆腔器官、髂內淋巴結有無轉移。核磁共振比CT更準確。此外，胸部x光檢查有時是必要的。
(3)再分期:建議治療完成後進行臨床和經肛門內鏡評估，對了解有無復發有重要價值。當通過肛門進行超聲內鏡檢查時，由於肛門纖維化會導致患者耐受性差，因此往往很難區分腫瘤復發和疤痕。
放療後不建議直接活檢，因為肛周腫瘤往往消退較慢(有時需要2個月)，放療也容易出現放射損傷，如果活檢可能會引起慢性肛瘺；對於術後殘留的組織，應進行仔細的臨床檢查。如果懷疑復發，可以考慮多部位活檢。如果病人有明顯的疼痛，這些檢查應該在麻醉狀態下進行。
本病的診斷依賴於肛管、直腸指檢和活檢。由於肛管癌位置表淺，早期出血、疼痛、包塊癥狀較多，早期通過直腸指檢更容易發現病竈。肛門指診可以知道是否有肛周病變，同時對病變的部位和大小做出基本判斷。任何可疑的肛周病變都應該進行活檢。經陰道觸診周圍組織對了解病變是否浸潤非常有幫助，尤其是判斷直腸陰道側是否受侵。
肛腸檢查時可發現環狀狹窄，患者可有明顯疼痛，必要時可在全麻下進行。手指檢查還可以確定直腸周圍是否有淋巴結轉移。腹股溝腫大淋巴結容易觸及，但其臨床意義早期難以判斷。在肛周癌中，約1/3患者可有腹股溝淋巴結腫大，其中50%可發現有利於腫瘤診斷的病理表現。
大多數患者過去患有外痔、肛瘺和肛周膿腫。出現上述癥狀時，往往被誤認為是上述良性疾病的表現，而未能及時就診，延誤診斷。此外，醫源性誤診率高達20%。主要原因是出現肛管癌時，未進行直腸指檢或由於醫生對肛管癌缺乏了解，未經組織病理學檢查，將惡性腫瘤誤診為良性疾病。因此，即使臨床上認為是良性病變，也應常規活檢以做出明確診斷。約半數患者從出現原發癥狀到確診已延誤1個月，約1/4患者延誤6個月。因此，近50%的患者在被診斷為肛管癌時已經成為晚期腫瘤(T3 ~ T4)。