(1)氟康唑治療支氣管念珠菌病，或伊曲康唑；如果確定為對氟康唑耐藥的非白色念珠菌，可以口服伏立康唑，靜脈註射棘白菌素或兩性黴素B。療程持續至癥狀消失或連續2次合格痰標本真菌培養陰性。
(2)原發性念珠菌肺炎①病情穩定者給予氟康唑靜脈滴註，病情好轉後口服；②病情不穩定者給予氟康唑聯合5-氟胞嘧啶，也可靜脈註射伊曲康唑；③氟康唑耐藥的肺部非念珠菌病:選用兩性黴素B(除吉列爾莫念珠菌和葡萄牙念珠菌)、伏立康唑和棘白菌素。
(3)繼發念珠菌病(包括原發性肺念珠菌病並發播散)患者應拔除深靜脈導管，根據病情進行治療:①病情穩定者給予氟康唑靜脈滴註，接受三唑類藥物(氟康唑和伊曲康唑)較多者可選擇卡泊芬凈或米卡芬凈靜脈滴註或兩性黴素或脂質體兩性黴素B；②對於病情不穩定的患者，壹種方法是給予兩性黴素B(或等劑量的含脂制劑)，或與5-氟胞嘧啶聯合口服或靜脈給藥；血培養轉陰，癥狀體征改善或消失，中性粒細胞恢復正常水平後，口服氟康唑14天；另壹種方法是給予氟康唑+兩性黴素B(或同等劑量的脂肪制劑)5 ~ 6天，然後口服氟康唑；第三種方法是給予伏立康唑或棘白菌素。
(4)藥物治療無效，但壹般情況下可耐受手術的念珠菌病或局限性肺部病變患者，可考慮手術治療。過敏患者可以對癥治療，可以嘗試激素。抗真菌藥物的治療價值尚不確定。
2.肺曲黴病
(1)寄生蟲性肺曲菌球頻繁或大量咯血時建議手術切除，如患者不能耐受手術，可采用支氣管動脈栓塞止血。全身應用抗曲黴菌藥物的療效不確定，口服伊曲康唑可能有益；
(2)過敏型首選激素治療，療程3個月；隨訪必須在1年內密切隨訪。如果出現血清總IgE升高或X線胸片浸潤，即使沒有癥狀，也需要按照急性期方案再次治療。慢性激素依賴性哮喘和肺纖維化患者需要長期使用激素，提倡隔日服藥，減少藥物不良反應。近年來，他們傾向於將激素與伊曲康唑聯合使用，以減少激素的用量。吸入人體激素制劑可改善哮喘癥狀，但不影響肺部浸潤吸收。
(3)侵襲型可選:伏立康唑、伊曲康唑、卡泊芬凈或米卡芬凈，含脂質兩性黴素B..目前壹般認為，輕中度肺曲黴菌病可選擇伊曲康唑或作為經驗性藥物，重癥患者應選擇伏立康唑，患者不能耐受其他藥物或其他藥物無效時應使用棘白菌素，極危重患者可考慮聯合用藥搶救。
3.肺隱球菌病
(1)免疫功能正常的肺隱球菌病患者①無癥狀患者:醫學觀察或口服氟康唑，療程3-6個月；②輕中度癥狀患者:口服氟康唑或伊曲康唑，療程6 ~ 12個月；不能口服者應使用兩性黴素b。③重癥患者:兩性黴素B(或同等劑量的含脂制劑)+5-氟胞嘧啶，退熱或培養轉陰後(6周左右)，口服氟康唑24個月；④隱球菌性腦膜炎患者:選用兩性黴素B+5-氟胞嘧啶2周，然後用氟康唑維持治療至少10周；兩性黴素B+5-氟胞嘧啶也可用於連續治療6 ~ 10周。
(2)肺隱球菌病2)HIV/AIDS或其他免疫抑制劑①輕中度患者:氟康唑或伊曲康唑，劑量與免疫功能健全者相同，終身服用；②重癥患者:誘導期使用兩性黴素B聯合5-氟胞嘧啶2周，鞏固期使用氟康唑10周，強化期終身使用氟康唑；③隱球菌性腦膜炎患者:首選兩性黴素B-15-氟胞嘧啶強化治療2周，然後使用氟康唑至少10周。強化治療後應繼續終身維持治療，維持治療的可選藥物為氟康唑和伊曲康唑。
(3)肺隱球菌病手術治療的適應證:肺隱球菌病通常很少需要手術治療，但對於局限性病變或抗真菌治療後持續存在的復發性局限性病變，可考慮手術治療。
4.肺塵埃沈著病
川芎嗪-SMZ是口服給藥的首選。治療效果:艾滋病患者反應慢(5-9天)，不良反應多，而非艾滋病患者反應快(3-5天)，不良反應少。艾滋病合並PCP患者療程為3周，非艾滋病患者可縮短至14天。臨床上需要根據治療反應進行個體化治療。需要4-8天評估TMP-SMZ的無效或治療失敗，然後轉用其他方案。艾滋病患者在療程結束後仍需繼續預防性用藥。氨基苯礬和氨基苯酸-伯氨纈是最有效的替代預防方案，不能耐受磺胺類藥物的患者也可能不能耐受氨基苯酸。
其他肺部真菌病包括:①肺毛黴菌病:糖尿病酸中毒和中性粒細胞減少是肺毛黴菌病的重要危險因素。快速控制此類基礎疾病對改善預後非常重要。目前，兩性黴素B臨床療效確切。②肺組織胞漿菌病:國內少見，臨床表現多樣，與肺結核頗為相似。免疫功能正常的人，輕癥時可以不治療；伊曲康唑被選擇用於中度或免疫缺陷的患者。以前主張療程1年，最近認為短期治療也適用。嚴重者先用兩性黴素B，總量1.0g，再用伊曲康唑口服治療9個月。伊曲康唑不推薦用於腦膜炎。③肺部馬爾尼菲青黴菌:經呼吸道吸入，原發感染在肺部，類似於肺結核或細菌性肺炎、肺膿腫，易經血液或淋巴擴散，主要損害網狀內皮系統，表現為所謂的“進行性播散性馬爾尼菲青黴菌”。診斷重在警惕，診斷需要真菌培養鑒定和病理檢查。選擇兩性黴素B治療，2周後口服伊曲康唑10周。伊曲康唑應長期用於艾滋病患者。