1，消毒
清塘清除池底多余淤泥，用200mg/L生石灰或20mg/L漂白粉消毒。放苗時可用安全藥物對魚類進行消毒，放苗前應做好消毒工作，並對池塘進行徹底的清潔和消毒。
2.避免魚受傷
拉網時盡量避免魚受傷，傷口是感染的主要條件。所以在投餵的過程中，壹定要避免高密度養殖，會造成魚與魚之間互相擠壓，碰撞鱗片。註意堵住進水口，在遠離進水口的地方堵網，防止魚在進水口聚集抓撓。
3.適當施肥
適當肥水，降低水體透明度，減少水黴菌孢子在水體中的生長。肥水還能增強魚的體質，提高魚的抗病能力。
4、殺寄生蟲
做好殺蟲工作，防止寄生蟲(如輪蟲、娃娃魚、鯡魚等。)傷害魚類和被水黴菌孢子攻擊。
5、及時清洗和處理。
養殖過程中發現死魚或水黴病嚴重的活魚，及時清理池塘，避免感染其他魚類。重傷的魚可以隔離，適當註射硫酸鏈黴素。水黴病嚴重時，應及時用殺菌劑處理，並加大治療藥物的用量，連續消毒兩次。