根據該病典型的臨床癥狀和病理變化，結合流行病學特點，壹般可作出初步診斷。
2.實驗室診斷
無菌取死鴨的肝或心血，接種於馬丁瓊脂平板或血平板上。瑞氏染色後發現分離的細菌感染了雙極性短桿菌(直接從感染組織染色的細菌形態更典型)，可對鴨霍亂作出初步診斷。之後通過生化和血清學對細菌進行了進壹步的鑒定。
3、辨證
應註意與鴨球蟲病、鴨瘟和鴨出血癥的區別。鴨球蟲病也可見小腸出血性改變，但心臟和肝臟幾乎沒有病變。
4.觸摸診斷
患鴨霍亂的病鴨臨死前經常搖頭。死的時候口鼻流血，莊稼全是飼料，摸著都難受。而得了鴨瘟的病鴨流著眼淚，死時兩眼充血，莊稼地空空如也，雙手發軟。
5、藥物和病程診斷
鴨霍亂壹般為偶發性發病，突然死亡，尤其是產蛋的母鴨。鴨霍亂也可傳染給雞和豬，而鴨瘟傳播廣泛，不能傳染給雞和豬，壹般發病後5天左右死亡。鴨霍亂可用磺胺類或抗生素治療，但對鴨瘟無效。
6、屍檢診斷
如果鴨肛門張開，出現充血、水腫或黃綠色假膜，則可判斷為鴨瘟。鴨霍亂病鴨或死鴨的肝表面有許多針狀的灰色壞死物。鴨瘟沒有這些癥狀，但全身皮膚表面有許多血斑，頭頸部出血更嚴重。