木薯塊莖富含澱粉，是食品和工業澱粉的良好來源。然而，木薯的所有部分，包括根、莖和葉，都含有有毒物質。此外，新鮮的塊莖毒性很大。它的有毒物質是亞麻子胡黃連苷。如果妳攝入生的或未煮熟的木薯和它的湯，妳會中毒。這是由於儲存在木薯中的亞麻子胡黃連苷和亞麻子胡黃連苷酶水解或胃酸水解產生的遊離氫氰酸。壹般食用150 ~ 300 g生木薯可引起中毒，甚至死亡。預防措施是食用前先將木薯去皮，馬鈴薯肉用水浸泡溶解氰苷，浸泡6天，可去除70%的氰苷，再加熱烹調。或者，可以通過將切片的馬鈴薯在陽光下浸泡(去皮，切片，浸泡3-6天，瀝幹水分)和將煮熟的馬鈴薯浸泡在水中(去皮，切片，浸泡48小時，瀝幹水分，蒸)來去除病毒。註意，除了吃生木薯，還需要註意的是，不能喝煮過的木薯湯，否則有中毒的危險。
其毒性為全株，尤其是鮮塊根，木薯中毒報道較多。中毒癥狀較輕，如惡心、嘔吐、腹瀉和頭暈。嚴重者呼吸困難，心悸加速，瞳孔散大，甚至昏迷，最後抽搐、休克，因呼吸衰竭而死亡。還會引起甲狀腺腫、脂肪肝、視神經和運動神經損傷等慢性疾病。