浙江大學醫學院附屬兒童醫院的兒科學為國家重點學科，兒科重癥專業、新生兒專業、小兒消化專業、小兒呼吸專業為國家臨床重點專科，新生兒專業、心胸外科專業、血液腫瘤專業、兒童保健專業、小兒圍手術期醫學、青春期醫學為省醫學重點學科，並擁有浙江大學生殖遺傳教育部重點實驗室、浙江省新生兒疾病防治重點實驗室、浙江省兒童出生缺陷早期篩查與幹預技術重點創新團隊、浙江省新生兒與圍產醫學重點學科群。