關於龍膽瀉肝丸的副作用，影響最大的應該是 "關木通事件"。原處方中含有關木通。
關木通是常用的
清熱利濕藥，也是廣泛使用的中成藥龍膽瀉肝丸的主味。然而，關木通中的馬兜鈴酸對腎臟有劇毒，可損害腎小管功能，導致腎功能衰竭。由於龍膽瀉肝丸的廣泛使用，馬兜鈴酸腎病正在中國悄無聲息地迅速蔓延。許多人發現，他們揮之不去的腎病（腎損害，甚至腎衰竭、尿毒癥）其實是龍膽瀉肝丸引起的，而龍膽瀉肝丸通常被用來治療 "內熱過盛"、耳鳴或便秘。
後來，國家食品藥品監督管理局發布《關於取消關木通藥用標準的通知》，決定取消關木通的藥用標準，龍膽瀉肝丸等 "關木通制劑 "必須憑醫生處方購買。
責令限期改產馬兜鈴科植物關木通。雖然仍包括關木通的莖，但關木通的莖不再是 "關木通"，而是不含關木通酸的其他莖。莖也不再是 "關木酸"，而是其他不含關木酸的莖，例如關木或茛菪，它們都不含關木酸。 更換後的龍膽瀉肝丸不再含有馬兜鈴酸，也沒有腎毒性副作用。不過，為了消費者的安全，新標準的龍膽瀉肝丸仍被列為處方藥。這意味著消費者要麽從醫院購買，要麽憑醫生處方到藥店購買。
現在市面上的龍膽瀉肝丸已經把配方中的關木通換成了木通，木通沒有腎毒性，可以放心服用。不過，龍膽瀉肝丸仍有壹些其他副作用。龍膽瀉肝丸屬於寒性藥物，服用龍膽瀉肝丸會導致胃寒，女性服用龍膽瀉肝丸還會因胃寒導致月經不調。