新型隱球菌的臨床表現是：
(1)通常起病隱襲，緩慢進展。①發病早期常有不規則的低熱或間歇性頭痛，後來變為持續性頭痛並進行性加重；②免疫功能低下的患者可以呈急性起病，常以發熱、頭痛、惡心、嘔吐為首發癥狀，早期癥狀在多數患者以明顯的腦膜刺激征為主，檢查可以見到頸強直和Kernig征；③少數患者以精神癥狀和局竈性神經體征為主，表現出煩躁不安、人格改變、記憶減退、意識模糊和癡性發作。
(2)當較大的肉芽腫累積在大腦、小腦或腦幹時引起肢體的癱瘓和***濟失調等局竈癥狀。
(3)因交通性和(或)梗阻性腦積水而導致顱內壓增高並出現相應的癥狀和體征，如視乳頭水腫及後期的視神經萎縮。
(4)由於腦底部蛛網膜下隙滲出明顯，常有蛛網膜粘連而引起多數腦神經受損的癥狀，常累及聽、面神經和動眼神經等。