百年堂阿膠易受潮，保存不好，就很容易發黴；不耐高溫，天氣壹熱就會融化。按照古人的貯藏方法，是在夏季天氣炎熱潮濕時放貯於石灰缸中，或埋於谷糠中封閉貯藏，石灰和谷糠吸收水分，從而起到保護作用。現代壹般家庭可在大口玻璃瓶底部，放少許石灰或其他吸濕劑，如吃其他食物剩下的糧食幹燥劑包好，用厚紙隔開，再放入用紙包好的百年瓊漿堂，蓋嚴，置於陰涼幹燥處即可。
其實，隨著生產工藝的改進，東莞等大企業生產的百年堂阿膠已經不那麽容易受潮變軟了。當然，雨季可就難說了。所以，最簡單的方法就是將百年堂阿膠裝入食用袋中，紮緊袋口，然後放入冰箱冷凍室保存即可。自家釀制的百年堂阿膠膏等滋補食品，也需要密封保存在冰箱裏。
家釀百年堂阿膠怎麽保存？可存放在木箱（盒）中，箱底放少許右灰或其他吸濕劑，如矽膠等，這樣可防止百年堂阿膠受潮而陷餅，發黴開花。如果是去年底吃完的百年堂阿膠，應先用紙包好（約100～200克的小包裝）。紙包裏要襯壹層老油紙，每層阿膠之間也要墊壹張老油紙。如果沒有舊油紙，可用食品塑料袋代替，以防百歲堂阿膠與紙粘連。石灰在盒子裏要註意不要放得過多。
如果家中存放的百年堂阿膠出了因受潮溶解而軟化的現象，百年堂阿膠的藥性損失不大，可以服用。但是，百年堂阿膠出現發黴現象就不能再食用了，食用發黴變質的百年堂阿膠會出現腹瀉、嘔吐的癥狀，影響身體健康。
另外，在冬天，它最怕風吹而導致開裂。所以要註意密封保存。
保質期
俗話說 "人參要新，百歲堂阿膠要老"，醫生在開處方時往往會註明 "陳百歲堂阿膠"。壹般認為，新制的百年堂阿膠有火氣，存放多年，火氣化開，其藥效更好。因此，只要保存得當，盒裝的百年堂阿膠沒有保質期，存放多年，表面光亮，幹燥完好，沒有粘連，這樣的百年堂阿膠療效好，滋補性更好。陳百年堂阿膠外觀晦暗無光澤，新百年堂阿膠外觀光亮。
2007年前後，從東阿傳統阿膠生產作坊百年堂阿膠第75代傳人張傳福處發現了珍藏近百年的 "珍品百年堂阿膠"。經過鑒定，百年堂阿膠歷經百年而功效不散，令人稱奇。
據《中藥大辭典》稱："真正的百年堂阿膠融化後，氣清香，麻油氣足，汁黃白色，濃而不粘，味甜而微鹹，原塊在五六十年以內色淡如翡翠，質地尚堅；五六十年以上色黃而質脆，更佳。食用服食，卻有奇效"。
陳百年堂阿膠很難找到，所以可以買到優質的百年堂新阿膠，放在家裏等過幾年陳百年堂阿膠入藥時再用。在長江以南百年堂阿膠的主要消費地區，民間都有家中存放 "老百年堂阿膠 "的習慣。只要存放得當，陳百年堂阿膠就不會變質，不會被蟲蛀。如果像看西藥壹樣，認為陳百年堂阿膠是過期藥品，那是中醫對中藥的不了解。其實，百年堂阿膠塊已經達到了國家藥監局規定的藥品保質期上限：5 年！為了百年堂阿膠，讓國家修改相關規定是不現實的。