辦公室：協助局領導小組日常工作，協調局機關政務工作；負責有關工作的上傳下達和檢查督辦。
人事科：負責局機關和局屬單位的人事、黨務、思想政治、勞動工資、機構編制工作。
發展計劃與財務科：擬定、組織、管理農業建設項目，指導全市農業小三場管理，監督管理局機關及局屬單位的財務和國有資產。
科教科：擬定全市農業科技、教育發展規劃和對策，承辦實施科技興農戰略的相關工作。
調研科：調查掌握、研究提出全市農業與農村經濟發展戰略及相關政策，對市委、市政府農村工作的重大部署提出建議，並督促落實。
法規科：負責農業規範性文件的起草、宣傳教育和監督檢查工作，負責本級農業行政案件訴訟的應訴，承擔農業行政復議工作。
市場與經濟信息科（對外合作科）：提出農產品和農資市場體系建設建設，促進農產品流通；預測並發布農村經濟信息，推進農業信息化；承辦全市農業涉外事務及農業對外經濟技術交流與合作事宜。
農產品質量安全管理辦公室：提出農產品質量安全建設，推進農業標準化，提高農產品品質和質量安全。
種植業科：研究提出全年種植業發展規劃和重大技術措施，引導種植業結構和布局的調整。
經濟作物科（荊州市疏菜辦公室）：指導全市經濟作物生產；研究擬定經濟作物生產規劃和生產技術措施。
農業產業化科（荊州市農業產業化辦公室）：研究制定農業產業化發展的重大措施，推進農業、農村經濟產業化。
農村能源辦公室：研究提出農村能源建設的發展的年度計劃和中長規劃，指導全市農村能源產業和服務體系建設。
農業機械監督管理科：組織實施農業機構安全監理工作，擬定農機作業規範、技術標準和農機安全生產政策、法規、安全技術檢驗標準，並監督實施。
農業機械產業發展科：研究提出農機化發展規劃，引導農機機械產品結構調整，負責農機化基本建設項目的申報並實施管理。
農業機械科教質量科：研究提出農業機構化重大技術措施建設和發展規劃，組織農業機械化重點科研項目論證、申報和重大技術的協作攻關。
監察室：負責檢查局機關和局屬行政執法單位貫徹執行國家法律、法規、政策和決定，命令情況，管理對違紀行為的控告、檢舉、調查處理及申訴工作等。
離退休幹部工作科：貫徹執行黨和國家關於老幹部工作的方針政策，負責落實離退休幹部的經濟待遇、醫療保健、善後事宜及遺屬照顧工作等。
機關黨委：負責局機關黨的建設工作，領導局機關工會、***青團、婦聯工作，負責局機關精神文明創建活動。
農業系統工會聯合會：貫徹執行黨的路線、方針、政策和工會工作的方針，負責農業系統（包括局機關）的工會工作，承辦扶貧、幫困、獻血、捐贈等公益性活動。
水產辦：根據國家和省有關漁業發展的方針政策，研究擬定全市漁業發展戰略、中長期發展規劃和產業政策，並組織實施。負責全市漁業資源保護、開發與利用，全市水域範圍內水生野生動植物和珍稀水生動物保護、繁殖、開發、利用和管理；負責全市水產品植物檢疫、漁船漁港的監督管理、漁業行政執法工作；保護漁業環境，指導全市漁業環境監測工作。引導全市漁業機構的合理調整和漁業資源的有效配置，促進漁業產業化經營；組織確定全市水產市場建設計劃，對水產品市場進行指導和管理；指導水產品流通。組織實施科教興漁戰略。監督實施漁業技術標準和管理規範，進行漁船設計、修造、苗種生產及引種的行業管理。 荊州市農產品質量安全監督檢測中心
中心是根據市編委《關於成立荊州市農產品質量安全監督檢測中心的批復》（荊編[2006]25號），於2006年7月正式設立的，為財政撥款事業單位。核定事業編制10人。主要負責全市農產品質量安全監督檢測工作。
檢測中心現有科技人員7人，其中，高級職稱2人，中級職稱4人，具備較高專業技術水平和解決問題的能力。現有檢測實驗室28間,總面積700平方米 。擁有美國安捷倫Agilent6890N氣相色譜儀等先進的檢測儀器設備71臺套。2011年5月，檢測中心通過了省技術監督局和省農業廳組織的實驗室“雙認證”復評審，能承擔38個項目的監督檢測任務。分別是：水胺硫磷、喹硫磷、甲基對硫磷、馬拉硫磷、對硫磷、甲拌磷、久效磷、氧化樂果、敵敵畏、樂果、殺螟硫磷、敵百蟲、甲胺磷、倍硫磷、毒死蜱、辛硫磷、乙酰甲胺磷、亞胺硫磷、三唑磷、溴氰菊酯、氰戊菊酯、順式氰戊菊脂、三氟氯氰菊脂、氯氰菊酯、聯苯菊酯、氰氟戊菊酯、甲氰菊酯、氟胺氰菊酯、氯菊酯、六六六、滴滴涕、百菌清、三唑酮、五氯硝基苯、農藥多殘留、萊克多巴胺、己烯雌酚、氯黴素。
地址：荊州市東環路214號
荊州市土壤肥料工作站
工作站是隸屬於荊州市農業局的全額拔款全民所有制公益性事業單位，成立於1978年，1998年經市機構編制委員會批準，荊州市肥料監督檢驗站與荊州市土壤肥料工作站實行兩塊牌子，壹套班子，定編25人。現有各類專業技術人員18人，其中高級農藝師2人，農藝師9人。在土肥技術推廣活動中，先後完成了全國第二次土壤普查，中低產田改良，配方施肥技術研究與推廣應用，國產氯化鉀推廣與應用研究等重大科技項目，獲得部、省豐收、科技進步（推廣）獎10多項，為全市農業增產，農民豐收，農村發展做出了突出貢獻。
主要工作職責：
（1）負責全市土壤肥料技術的推廣應用工作，為市委、市政府指導農業生產當好參謀，組織、協調各縣（市、區）土肥站土壤肥料業務工作；
（2）負責耕地地力建設工作，建立耕地地力監測網點，建設全市耕地地力信息系統，推廣測土 配方施肥技術，提高施肥水平，改良土壤，提高土地生產力；
（3）負責全市土壤資源調查與開發利用工作；
（4）參與基本農業田保護工作，主要負責基本農田質量管理工作；
（5）開展肥料監測檢驗工作；
（6）完成國家和地方下達的土壤肥料科研任務。
地址：荊州市東環路244號
荊州市農機安全監理所
監理所組建於1984年，為具有行政執法職能的事業單位，隸屬於荊州市農業局，級別相當於副縣級，人員經費為財政差額撥款。現有在編人員12人,其中本科以上學歷5人，高級職稱2人，中級職稱7人，初級2人。內設四個職能科室：安全科、監理科、財務科、辦公室。
主要工作職責是:
（1）宣傳、貫徹黨和國家關於農機安全生產的方針、政策和法律、法規，執行上級主管部門制定的管理辦法、安全措施；接受上級業務指導和監督；指導、監督轄區內農機安全生產。
（2）分析轄區農機安全生產形勢，制訂轄區內年度安全生產目標、計劃、防範措施；組織安全生產的宣傳教育，開展安全生產競賽與檢查；總結、推廣、表彰農機安全生產的經驗和典型；向上級主管部門和當地政府報告農機安全生產情況。
（3）負責轄區內農機安全監理工作的業務指導；協調相關部門、單位間的關系。
（4）監管轄區內拖拉機、聯合收割機等農業機械註冊登記，號牌的核發、換發、補發；機車技術檢驗、變更、轉移、抵押、註銷登記。
（5）負責農機監理員、農機考試員資格審核、材料申報；申報、領取、發放監理員、考試員標誌、證件、胸章。
（6）負責拖拉機、聯合收割機及其他農業機械牌證、表冊、卡的申報、領取、核發。
（7）負責建立拖拉機、聯合收割機等農業機械駕駛、操作人員、監理員、考試員、安全員、農機事故的檔案、臺帳。
（8）監督駕駛人員的考試、試卷閱評；負責駕駛人員、安全員資格審核、審批。
（9）負責規劃轄區農機監理技術裝備方案；組織農機監理項目申報、實施、檢查。
（10）制定市區農機事故處理預案；參與轄區內農機事故的調查、處理、通報。
（11）負責查處轄區內違反農業機械安全管理法律、法規和規章的行為；受理人民群眾的來信來訪。
（12）組織檢查轄區內農機監理收費和財務情況。
（13）負責向上級主管部門報送報表、資料。
（14）完成上級交辦的其它工作。
地址：荊州市荊州區屈原路28號
荊州市農機化研究所(荊州市農機化推廣站)
荊州市農機化研究所與荊州市農機化技術推廣站實行壹套班子，兩塊牌子。現有職工17人，其中高級技術職稱人員5人；中級職稱人員6人；享有國務院政府津貼專家1人，荊州市專業技術拔尖人才2人。單位成立於73年，先後承擔完成省、部級及市級重點科技攻關項目10項、推廣項目4項、獲國家及省市級科技獎14項、國家專利5項，為荊州市的農業科技進步和農村經濟的發展作出了應有的貢獻。本單位多年來堅持“誠信做人，專業做事”的理念，堅持以人為本，深化改革，開拓創新。圍繞“三農”服務，推廣了壹批先進的農機化新技術，受到廣大農民和政府的肯定。先後被農業部授予“全國跨區機收工作先進單位”，省農業廳授予“工作先進單位”、“全省農機科技推廣先進單位”，荊州市農林口黨組織授予“先進組織”等稱號。
主要工作職責是:
1、從事農業機械及相關技術的研究開發。
2、負責本地區農業新機具新技術的引進、改進、試驗、示範和推廣。
3、承擔上級下達的農機化技術推廣項目，組織農機化有關項目有實施，參與制訂農機技術推廣計劃。
4、指導本地區農機化研究推廣服務工作，負責農機化技術轉讓、信息咨詢等技術服務。
5、網絡農機化信息，開展技術宣傳、技術培訓、技術轉讓、信息咨詢等技術服務。
6、開展技術咨詢、技術承包、機具租賃、農機作業、農機中介及有關經營服務活動。
地址：荊州市城區屈原路28號
荊州市漁政船檢港監管理處（掛湖北省漁業船舶檢驗局荊州檢驗處、湖北省荊沙江段中華鱘保護站兩塊牌子）
漁政船檢港監管理處設立於1983年，是參照國家公務員制度管理的全民所有制事業單位，機構級別相當副縣級，隸屬市農業局領導。
其主要職責是：
（1）貫徹實施《中華人民***和國漁業法》、《中華人民***和國漁業船舶檢驗條例》、《中華人民***和國漁港水域交通安全管理條例》、《中華人民***和國漁業船舶登記辦法》、《中華人民***和國水生野生動物保護實施條例》和《湖北省實施<中華人民***和國漁業法>辦法》等法律法規，擬訂地方漁業管理規章並監督執行。
（2）負責國家長江禁漁期制度的組織、實施和監督檢查。
（3）負責全市漁業資源的保護、開發與利用。指導全市漁業水域環境監測、保護漁業水域生態平衡和生態環境，查處重大漁業違法案件、漁業水域汙染案件，維持漁業生產秩序，維護漁業生產者、經營者的合法權益。
（4）負責全市漁業船舶水上交通安全管理。登記、檢驗漁業船舶，清理取締“三無”漁業船舶，調查處理漁船水上交通事故。統壹規劃全市漁港，指導漁港的監督管理，審批漁港港區內工程及港埠經營。
（5）負責中華鱘等國家珍稀水生野生動物的保護、繁殖、開發、利用。依法查處違法捕捉、宰殺、運輸、銷售、利用中華鱘等珍稀水生野生動物案件。
（6）統壹管理全市漁業執法裝備，審批發放《中華人民***和國水域灘塗養殖證》、《中華人民***和國內陸水域捕撈許可證》、《中華人民***和國漁業船舶登記證書》、《中華人民***和國漁業船舶檢驗證書》；辦理國家珍稀水生野生動物馴養、繁殖、運輸、經營、利用特許證件；審批養殖水面、漁港場地的使用、征用和劃撥。
地址：荊州市荊東路荊東巷8號
荊州市長湖水產管理處
管理處於壹九五七年建處，是受省政府委托，負責長湖水生資源增殖保護和開發利用，以及漁業生產、漁業行政執法管理的事業單位。
（壹）主要職能
1、宣傳貫徹執行漁業法規和《長湖湖泊管理章程》。
2、組織領導長湖的水產生產，開發利用長湖的水產資源。
3、管理海子湖漁港；保護增殖長湖的魚類資源；登記、發放、核檢入湖捕撈許可證和漁船牌照及圍欄養殖水系使用證；征收漁業資源增殖保護費；維護長湖水域生態環境和保護水生動植物；維護長湖漁業生產秩序和查處漁業違規案件及漁業糾紛。
4、調查長湖資源變化情況，為制定長湖水產生產的發展提供科學依據。
5、辦好內部經濟實體，為長湖漁業資源的增殖服務，減輕國家的財政負擔。
（二）處屬單位及基本情況
1、荊州市長湖漁政船檢港監管理站。位於荊州市沙市區關沮口，代表荊州市長湖水產管理處行使漁政、船檢、港監等職能。具體職責：組織宣傳、貫徹執行漁業法規；保護增殖長湖的水生動植物資源；登記、發放、核檢入湖捕撈許可證和漁船牌照及圍欄養殖水系使用證；征收漁業資源增殖保護費；維護長湖漁業生產秩序和水上安全等。
2、荊州市長湖水產管理處海子湖漁場。精養湖泊面積10300畝，年產鮮魚1000噸，河蟹10噸。距市中心僅5.7km，市內3路、35路公交車直抵湖邊，目前已成為市民觀光、垂釣、水上遊樂、度假、餐飲等休閑娛樂的重要去處。休閑漁業、旅遊開發前景廣闊。
3、荊州市長湖水產良種場。位於318國道與宜黃高速公路之間，十號路的延伸線上。占地面積1000畝，其中精養漁池水面517畝，以生產淡水魚類苗種和開發名特優新水產品苗種為主。年產各類淡水魚苗10億尾，烏仔頭魚種2億尾，5寸以上大規格魚種90噸，名特優新水產品苗種0.2億尾。是全省乃至全國大型淡水魚苗種生產基地，是11個五年計劃規劃的省級青魚良種場，產品享譽全國，遠銷東北、華北、西北10余個省、市、自治區。
4、荊州市長湖魚種場。位於海子湖北面岸邊，占地560畝。其中精養漁池水面283畝，主要從事淡水魚苗種、成魚的生產養殖。年產各類烏仔頭魚種0.8億尾，5寸以上大規格魚種80噸，成魚120噸。
5、荊州市長湖冷藏服務中心。位於荊州市荊州區荊東路32號，擁有兩座冷庫（其中壹座大冷庫在十號路），日結凍能力80噸，日冷藏量200噸。
6、荊州市長湖塑料經營管理站。位於十號路北頭，距318國道100m，擁有200KVA的變壓器，1500m2的生產車間，主要從事漁業單絲、繩、網布的生產和銷售。
地址：荊州市沙市區十號路北頭，距318國道100m
荊州市畜牧局
荊州市畜牧局是1996年經荊州市委、市政府批準成立的隸屬於市農業局領導的副縣級事業單位，擔負著全市畜牧獸醫事業的發展和管理工作。局機關設4科1室，即辦公室、畜牧科、獸醫科、政工科、財務科，下設有動物防疫監督站、動物檢疫站、畜牧獸醫站、動物血防站、畜牧獸醫技術服務中心5個直屬二級單位。
主要工作職能是：
1、主管畜牧生產；
2、負責全市動物防疫、動物檢疫、動物防疫監督工作；
3、負責全市獸藥、獸醫的管理；
4、負責動物血防工作；
5、負責全市飼料管理工作。
地址：荊州區荊東路15號
荊州市農村經濟經營管理局
荊州市農村經濟經營管理局歸口市農辦、市農業局管理，是參照公務員管理的全額撥款事業單位，副縣級。按照荊政辦發[1997]6號文件，市農村經濟經營管理局核定編制10名，其中，局長1名，副局長2名，科級領導職數3名；內設3個科，即秘書科、合同管理科和財務審計科。對外掛市農民負擔監督管理辦公室、市完善農村土地二輪延包工作領導小組辦公室、市化解村級債務工作辦公室、市清理整頓農村合作基金會領導小組辦公室、市新農村建設工作隊辦公室和市新農村建設工作協調領導小組辦公室等六個綜合性辦公室牌子。重點從事農村經濟組織的執法監督、管理協調、經營指導、信息服務等工作。
主要工作職能和任務如下：
1、負責制訂有關農村經濟組織經營管理的政策、規定，並組織貫徹、實施、督辦。
2、根據國家的法律、法規，制訂各類農村合作經濟組織的示範章程；負責經濟組織的登記管理；指導農村各類經濟組織建立健全各項管理制度。
3、貫徹中、省有關減輕農民負擔的法律、法規和政策；監督管理農民承擔的各項費用和投工投勞項目的預決算；審計農民負擔資金和各項涉農收費資金；依法查處農民負擔違法違紀案件。
4、指導依法完善農村土地延包工作；指導農村集體經濟組織選擇發包方式；指導各類承包合同的簽訂和履行；指導依法流轉土地承包經營權，登記歸檔；依法對承包合同和流轉合同進行鑒證；調處和仲裁土地承包糾紛。
5、貫徹和制定各項財務管理制度；指導監督農村集體經濟組織的財務管理和資產營運；培訓、考核、管理農村財務人員，評定技術職稱；對農村集體資產進行統計和登記；負責化解村級不良債務；管理農村集體資產評估工作。
6、負責農村合作基金會清理整頓後期煞尾工作，維護農村社會穩定。
7、負責對農村集體經濟組織財務收支和經濟活動進行審計監督；對收取、管理使用農民負擔資金的單位的相關經濟活動審計監督，對政府及有關部門委托項目的審計，查處違規違紀經濟案件。
8、負責對農村合作經濟收益分配情況的預測、統計以及農村經濟經營管理工作情況的統計。
9、負責組派新農村建設工作隊，對各工作隊駐村工作情況進行綜合協調、宣傳報道、督辦檢查。
10、負責新農村建設工作，具體負責全市新農村建設的規劃編制、綜合協調、工作指導和監督檢查等項工作。
根據上述任務，市農村經濟經營管理局內設3個科。（壹）秘書科。負責局機關的日常行政工作，包括文秘、檔案、後勤管理；農村經管系統的幹部業務培訓，農村經濟統計；綜合性文件和制度的起草等工作。（二）合同管理科。負責農民負擔監督管理和農村承包合同管理。承擔農民負擔政策和法規的制定與貫徹和監督管理；涉農負擔文件的審議；違規違紀加重農民負擔案件的查處；以及農村承包經營活動的指導；農村土地承包糾紛的調解與仲裁等工作。（三）財務審計科。負責農村合作經濟組織的財務管理與審計監督。承擔農村財務工作指導與制度建設；農村集體資產評估；農村財務審計；農民負擔專項審計等工作。
地址：荊州市荊州區荊東路54號（原行署大院內）
荊州市農業執法大隊
為認真履行農業行政執法職能，克服荊州城區農業多層執法體制存在的弊端，切實維護有關農資生產、經營者和農民的合法權益，在荊州市委、市政府的高度重視和大力支持下，荊州市編委於2003 年12月31日行文（荊編[2003]60號）以荊州市種子管理站、植物檢疫站、農藥監督管理站為基礎，將荊州區、沙市區農業執法單位整體上收後，組建成立了荊州市農業執法支隊。支隊對外加掛荊州市種子管理站、荊州市植物檢疫站牌子。
荊州市農業執法支隊隸屬市農業局管理，機構級別相當副縣級。荊州市農業執法支隊人員經費納入市財政全額預算。支隊內設辦公室、財務科、市場監督管理科、品種管理科、檢驗檢疫科（荊州市農資質量監督檢測中心）和荊州、沙市兩個直屬大隊。到目前為止，支隊的改革工作已全部到位，執法人員實行了全員競爭上崗。支隊現有幹部職工78人。支隊領導成員6名，其中：1名支隊長，3名副支隊長，1名紀檢委員，1名工會主席。支隊科級幹部11名。 支隊的主要工作職責是宣傳貫徹農業有關法律、法規和各項方針政策；指導全市農藥、種子、肥料、植物檢疫、農業環保、綠色食品等方面的執法管理工作；負責全市農業執法人員和有關農資生產、經營上崗人員的培訓、考試、考核；負責管理全市農資新品種的引進、試驗、示範、審（認）定及推廣工作；負責荊州區、沙市區、荊州開發區、各農場管理區境內種子、農藥、肥料生產、經營許可（登記）證的審核、發放和植物檢疫；依法審查有關農資商品廣告；負責荊州市區兩級農業執法工作；調查、調解、處理本行政區域內及跨縣市的較大農資質量糾紛，依法查處農業違法案件；負責全市農資質量監督檢查、檢測、檢驗和委托鑒定工作；負責市區實施檢疫的植物及植物產品的檢疫工作；承辦上級交辦的其它工作。 新組建的荊州市農業執法支隊將在荊州市農業局黨委的統壹領導下，按照農業執法“五公開、六規範、十不準”的要求，嚴格執法、文明執法、優質服務，塑造荊州農業執法的新形象。
荊州市農業執法支隊於2004年3月18日舉行掛牌儀式。
內設機構及職能：
辦公室：協助支隊領導處理日常工作，協調支隊政務工作；負責有關工作的上傳下達和檢查督辦；負責文書、信訪、統計、新聞宣傳、法制培訓、後勤服務等工作；負責人事、黨務、工資、職稱、思想政治及精神文明創建等工作。
財務科：負責支隊財務及資產、資金管理；監督財務制度執行；負責支隊項目申報和管理工作。
市場監督管理科：負責有關農資市場的監督與管理；承辦上級交辦、下級上報、橫向移送、跨區域及本行政區域內的較大案件；負責支隊農業執法案件的審理、案卷的收集、整理與歸檔工作；承辦聽證、復議及應訴案件的具體工作；辦理農業行政許可的相關事宜；依法審查有關農資商品廣告。
品種管理科：負責有關農資新品種引進、試驗、示範、審（認）定、推廣及農產品質量認證標誌的管理工作。
檢驗檢疫科：負責有關農資質量監督檢測、檢驗和委托鑒定工作；負責應施檢疫的植物及植物產品的檢疫工作；辦理有關農資質量合格證的審核、發放與公告工作。
荊州大隊：負責小北門農資市場及荊州區範圍內的農業執法工作。
沙市大隊：負責沙市躍進路市場及沙市區範圍內的農業執法工作。
荊州市農業技術推廣中心
荊州市農業技術推廣中心成立於1992年1月，屬正縣級公益性農業技術推廣事業單位，主要職能是擔負全市農業新技術、新品種引進、試驗、示範推廣和對廣大農民開展技術培訓和技術咨詢等服務工作。中心現有職工50人，其中3人退休，10人離職自謀職業，待崗9人，借調3人，在崗25人。中心全年開支130萬元，每年財政撥款僅20余萬元，余下部分主要靠企業創收。為了彌補經費不足，中心先後興辦了科技交流培訓部、農豐種子種苗、壯秧劑廠、廣源種業等企業。其中農豐種子種苗公司於2003年自行註銷；科技交流培訓部於2005年實行資產置換。目前，中心現有機關、廣源種業和壯秧劑廠三個機構和企業，履行部分農業技術推廣職能，主要從事種子，壯秧劑系列產品的生產和經營活動。