本病的治療原則是早期給藥、合理選藥、聯合用藥及系統治療，只要患者臨床癥狀、體征及實驗室檢查高度提示本病，即使抗酸染色陰性亦應立即開始抗結核治療。 異煙肼(isonicotinyl hydrazide, INH)、利福平(rifampicin, RFP)、吡嗪酰胺(pyrazinamide, PZA)或乙胺丁醇(ethambutol, EMB)、鏈黴素(streptomycin, SM)是治療TBM最有效的聯合用藥方案，兒童因乙胺丁醇的視神經毒性作用、孕婦因鏈黴素對聽神經的影響而盡量不選用。
a)異煙肼：異煙肼可抑制結核桿菌DNA合成，破壞菌體內酶活性，對細胞內、外結核桿菌均有殺滅作用。無論腦膜有無炎癥，均能迅速滲透到腦脊液中。單獨應用易產生耐藥性。主要不良反應有末梢神經炎、肝損害等。
b)利福平：利福平與細菌的RNA聚合酶結合，幹擾mRNA的合成，抑制細菌的生長繁殖，導致細菌死亡。對細胞內外結核桿菌均有殺滅作用。利福平不能透過正常的腦膜，只部分通過炎性腦膜，是治療結腦的常用藥物。單獨應用也易產生耐藥性。主要不良反應有肝毒性、過敏反應等。
c)吡嗪酰胺：在酸性環境中殺菌作用較強，pH 5.5時殺菌作用最強，能殺滅酸性環境中緩慢生長的吞噬細胞內的結核桿菌，對中性和堿性環境中的結核桿菌幾乎無作用。吡嗪酰胺滲入吞噬細胞後進入結核桿菌體內，菌體內的酰胺酶使其脫去酰胺基，轉化為吡嗪酸而發揮殺菌作用。吡嗪酰胺能夠自由通過正常和炎性腦膜，是治療結核性腦膜炎的重要抗結核藥物。主要不良反應有肝損害、關節酸痛、腫脹、強直、活動受限、血尿酸增加等。
d)鏈黴素：為氨基糖苷類抗生素，僅對吞噬細胞外的結核菌有殺滅作用，為半效殺菌藥。主要通過幹擾氨酰基-tRNA和與核蛋白體30S亞單位結合，抑制70S復合物的形成，抑制肽鏈延長、蛋白質合成，致細菌死亡。鏈黴素能透過部分炎性的血腦屏障，是結核性腦膜炎早期治療的重要的藥物之壹。主要不良反應有耳毒性和腎毒性。
e)乙胺丁醇：與二價鋅離子絡合，幹擾多胺和金屬離子的功能，影響戊糖代謝和脫氧核糖核酸、核苷酸的合成，抑制結核桿菌的生長。對生長繁殖狀態的結核桿菌有作用，對靜止狀態的細菌幾乎無影響。主要不良反應有視神經損害、末梢神經炎、過敏反應等。
WHO的建議應至少選擇三種藥物聯合治療，常用異煙肼、利福平和吡嗪酰胺，輕癥患者治療3個月後可停用吡嗪酰胺，再繼續用異煙肼和利福平7個月。耐藥菌株可加用第四種藥如鏈黴素或乙胺丁醇。利福平不耐藥菌株，總療程9個月已足夠；利福平耐藥菌株需連續治療18～24個月。由於中國人為異煙肼快速代謝型，成年患者每日劑量可加至900～1200mg，但應註意保肝治療，防止肝損害並同時服用維生素B6以預防該藥導致的周圍神經病。 a)脫水劑的應用與護理：結腦常用的脫水劑為高滲脫水劑和利尿藥，故首先要保持靜脈通道的通暢，準確記錄24h 出入量。目前，常用的脫水劑為20%甘露醇對血管刺激性很大，護士應保護好患者血管，如發生滲液、漏液，可立即用50%硫酸鎂溶液濕敷以減少對皮膚黏膜的刺激。
b)激素的應用與護理：激素計量不準確、用量過大或減量不合適易造成反跳現象，因此要嚴格遵照醫囑給藥，並囑患者不要隨意增藥、減藥。
c)抗結核藥的應用與護理：應用結核藥的同時應密切觀察藥物的不良反應，如胃腸道反應、肝功能損害、腎功能損害、聽力障礙、過敏反應等，如出現不適及時報告醫師。
d)飲食護理：結腦患者由於顱壓高導致頻繁嘔吐，食欲因抗結核藥物對胃腸道刺激而降低，持續發熱及大量脫水劑應用導致水、電解質及酸堿平衡紊亂。因此，患者清醒後應鼓勵其多飲水，少量多餐，給予高熱量、高蛋白、高維生素及高鈣飲食，昏迷患者采用鼻飼流質飲食，合並胃出血及病情危重者增加胃腸外營養。