根據《國務院辦公廳關於印發農業部職能配置內設機構和人員編制規定的通知》（國辦發[1998]88號）精神和《農業部關於調整部屬畜牧獸醫單位機構編制的決定》（農人發[2006]3號）批復中國獸醫藥品監察所（中心）主要職責如下：
（壹）承擔獸藥（包括獸用生物制品，下同）質量標準、獸藥實驗技術規範、獸藥審評技術指導原則的制、修訂工作；承擔全國獸藥的質量監督及獸藥違法案件的督辦、查處等工作；負責獸藥質量檢驗和獸藥殘留檢驗最終技術仲裁；負責全國獸用生物制品批簽發管理和獸藥產品批準文號審查工作。
（二）承擔新獸藥和外國企業申請註冊獸藥的技術審評工作，提出審評意見。
（三）承擔獸藥生產質量管理規範（GMP）、臨床及非臨床試驗管理規範（GCP、GLP）檢查驗收工作；組織開展省級獸藥監察所資格認證工作；指導省級獸藥監察所和有關獸藥生產企業的質量檢驗工作。
（四）承擔獸藥殘留標準的制、修訂工作；承擔獸藥殘留監控工作；開展獸藥殘留檢測工作；承擔國家獸藥殘留基準實驗室和省級殘留試驗室的技術指導工作。
（五）承擔獸醫器械標準的制、修訂及檢驗測試工作；承擔全國獸醫器械的質量監督工作。
（六）承擔獸藥檢驗標準物質標準的制、修訂工作；負責獸藥標準物質的研究、制備、標定、鑒定及供應等工作。
（七）承擔獸藥的風險評估和安全評價；承擔Ⅰ類、Ⅱ類獸醫病原微生物菌（毒）種的試驗和生產條件的審查工作；負責國家獸醫微生物菌（毒、蟲）種保藏、提供和管理工作，承擔行業實驗動物管理工作。
（八）參與起草獸藥、獸醫器械管理的法律、法規；開展相關檢驗技術研究、行業技術培訓及國際技術交流與合作。
（九）承擔獸藥、獸醫器械綜合評價工作；跟蹤了解獸藥、獸醫器械科研、生產、經營及使用等方面信息，承擔相關信息發布工作。
（十）承擔農業部委托的其他工作。