國家認證認可監督管理委員會（以下簡稱國家認監委）負責食品檢驗機構資質認定實施、監督管理和綜合協調工作。
各省級質量技術監督部門按照職責分工，負責所轄區域內食品檢驗機構資質認定實施和監督檢查工作。第五條 食品檢驗機構資質認定工作，應當遵循客觀公正、科學準確、公開透明、高效便利的原則，並避免不必要的重復認定和評審。第六條 食品檢驗機構及其檢驗人員從事食品檢驗活動，應當依照國家有關法律、法規和食品安全標準、檢驗規範的規定，尊重科學，恪守職業道德，並保證向社會出具的檢驗數據和結果客觀、公正和準確。第二章 資質認定條件與程序第七條 食品檢驗機構應當按照國家有關認證認可的規定依法取得資質認定後，方可從事食品檢驗活動。
未依法取得資質認定的食品檢驗機構，不得向社會出具具有證明作用的檢驗數據和結果。第八條 食品檢驗機構應當符合國務院食品藥品監督管理部門規定的資質認定條件。第九條 國務院有關主管部門所屬和經其批準設立的食品檢驗機構資質認定，由國家認監委負責實施；除上述機構外的食品檢驗機構資質認定，由省級質量監督部門負責實施。第十條 食品檢驗機構資質認定程序：
（壹）申請資質認定的食品檢驗機構（以下簡稱申請人），應當向國家認監委或者省級質量監督部門（以下統稱資質認定部門）提出書面申請，並提交符合本辦法第八條規定的相關證明材料，申請材料應當真實有效；
（二）資質認定部門應當對申請人提交的申請材料進行書面審查，並自收到材料之日起5個工作日內作出受理或者不予受理的書面決定；申請材料不齊全或者不符合法定形式的，應當壹次性告知申請人需要補正的全部內容；
（三）資質認定部門應當自受理申請之日起45個工作日內，對申請人完成技術評審工作，評審時間不計算在作出批準的期限內；
（四）資質認定部門應當自技術評審完結之日起20個工作日內，對技術評審結果進行審查，並作出是否批準的決定。決定批準的，自批準之日起10個工作日內，向申請人頒發資質認定證書，並準許其使用資質認定標誌；不予批準的，應當書面告知申請人，並說明理由。第十壹條 國家認監委和省級質量監督部門應當定期公布依法取得資質認定的食品檢驗機構名錄及其檢驗範圍、技術能力等信息，並向公眾提供查詢渠道。第十二條 食品檢驗機構資質認定證書有效期為6年。
食品檢驗機構需要延續依法取得的資質認定的有效期的，應當在資質認定證書有效期屆滿3個月前，向資質認定部門提出復查換證申請。第十三條 食品檢驗機構資質認定證書式樣、編號規則和資質認定標誌式樣由國家認監委統壹制定。
食品檢驗機構應當在其對外出具的食品檢驗報告或者其他宣傳材料中正確使用資質認定標誌和證書，用以證明其取得資質認定。第十四條 有下列情形之壹的，食品檢驗機構應當依法向資質認定部門申請辦理相關變更手續：
（壹）食品檢驗機構變更資質認定檢驗項目、檢驗方法的；
（二）食品檢驗機構名稱、地址、法定代表人、授權簽字人以及技術管理者發生變化的；
（三）食品檢驗機構發生其他重大事項變化的。
食品檢驗機構申請增加資質認定檢驗項目的，資質認定部門應當參照本辦法第十條的規定予以辦理。第十五條 因發生重大食品安全事故或者其他食品安全緊急情況，需要食品檢驗機構臨時增加檢驗項目的，資質認定部門應當及時啟動應急預案，並向社會公布符合資質要求的食品檢驗機構名錄。