（壹）辦公室
1、組織協調局機關日常工作；
2、負責局機關文電、會務、機要、檔案、信息、信訪、安全保密、政務公開、督查督辦、應急、宣傳報道、信息發布、行政接待、後勤服務等工作；
3、負責綜合性文稿的起草工作。
（二）人事科
1、負責局機關和直屬單位的人事管理、機構編制等工作；
2、指導食品藥品監督管理人才隊伍建設和人員培訓工作；
3、負責實施執業藥師執業資格制度的有關工作；
4、負責管理相對人資格培訓與管理工作；
5、負責局機關離退休人員的管理服務工作，指導局直屬單位離退休人員的管理服務工作。
（三）政策法規科（掛行政許可服務科牌子）
1、起草藥品、醫療器械、保健食品、化妝品和餐飲服務環節食品安全監督管理的規範性文件；
2、承擔局機關規範性文件的合法性審核工作；
3、負責局機關行政處罰案件的審核；
4、承擔相關行政復議、行政應訴、賠償、組織聽證等工作；
5、承擔本系統法制建設工作；承擔本部門行政許可（審批）事項的集中辦理。
（四）規劃財務科
1、擬訂食品藥品監督管理發展、建設和裝備規劃並組織實施；
2、負責食品藥品抽樣檢驗專項經費的管理工作；
3、負責局機關財務和國有資產管理工作，指導局派出機構和直屬單位的財務、國有資產管理工作。
（五）餐飲服務食品安全監管科
1、承擔餐飲服務許可和餐飲服務環節食品安全的監督管理工作；
2、組織實施餐飲服務食品安全管理規範；
3、承擔餐飲服務環節食品抽樣檢驗、食品安全狀況調查和監測工作；
4、參與或組織查處餐飲服務環節食品安全違法行為，調查處理餐飲服務環節食品安全事故；
5、指導協調重大活動餐飲食品安全保障工作。
（六）保健食品監管科
1、承擔保健食品監督管理工作；
2、組織查處保健食品有關違法行為；
3、依法監測保健食品廣告；
4、核發零售企業保健食品經營許可證。
（七）化妝品監管科
1、承擔化妝品衛生監督管理工作；
2、組織查處化妝品有關違法行為；
3、對化妝品衛生許可進行初審；
4、監督實施化妝品衛生標準和技術規範。
（八）藥品安全監管科
1、組織實施醫療機構制劑標準和中藥飲片炮制規範；
2、監督實施藥品、輔料、直接接觸藥品的包裝材料和容器註冊工作，對醫療機構制劑註冊進行初審；
3、監督實施藥物非臨床研究、藥物臨床試驗質量管理規範；
4、監督實施中藥品種保護制度；
5、監督實施藥品生產和醫療機構制劑配制質量管理規範；
6、承擔放射性藥品、麻醉藥品、毒性藥品及精神藥品、藥品類易制毒化學品等特殊藥品的監督管理工作；
7、承擔藥品生產、醫療機構制劑配制和藥品委托生產的監督管理工作；
8、承擔藥品出口的有關監管工作；
9、組織開展藥品不良反應監測工作。
（九）藥品市場監管科
1、組織實施藥品經營質量管理規範和藥品經營企業認證；
2、組織實施流通環節藥品分類管理制度；
3、承擔藥品經營許可的監督管理工作，核發藥品零售企業藥品經營許可證；
4、組織實施藥品使用質量管理規範；
5、承擔互聯網藥品信息和交易行為的監督管理工作；
6、依法監測藥品廣告；
7、參與組織實施國家基本藥物制度。
（十）醫療器械監管科
1、組織實施醫療器械生產、經營、使用管理辦法和相關規定；
2、監督生產、經營、使用單位醫療器械質量；
3、組織實施醫療器械標準，承擔壹類醫療器械產品的註冊工作；
4、承擔醫療器械產品抽樣；
5、監督實施醫療器械不良事件監測工作；
6、依法監測醫療器械廣告。