省食品藥品監督管理局設7個內設機構：
(壹)辦公室(規劃財務處)。
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作以及安全保密、政務公開、來信來訪、宣傳、財務等工作,指導系統信息化建設;管理轉移支付專項資金和項目資金並監督實施;承擔行政事業性收費的監督管理工作;負責機關和所屬單位的人事、教育、機構編制和資產管理工作;負責機關離退休幹部工作,指導所屬單位離退休幹部管理工作。
(二)政策法規處。
承擔行政執法監督工作;參與起草食品藥品監督管理的有關法規和規章草案;承擔有關行政復議、行政應訴和聽證等工作。
(三)食品許可處。
承擔食品、化妝品衛生許可管理工作;負責保健食品註冊申請的受理工作;承擔國產化妝品衛生條件初審工作;負責保健食品、化妝品衛生許可證的管理工作。
(四)食品安全監管處。
承擔消費環節食品安全監督管理工作,監督實施消費環節食品安全管理規範;承擔消費環節食品安全狀況調查和監測工作,發布與消費環節食品安全監管相關的信息;依法承擔有關化妝品安全性評審工作;承擔保健食品、化妝品衛生監督管理工作。
(五)藥品註冊和中藥民族藥監管處。
監督實施國家藥品標準、直接接觸藥品的包裝材料和容器產品目錄、藥用要求及標準;負責藥品、中藥保護品種、直接接觸藥品包裝材料和容器產品註冊初審工作;負責醫療機構制劑、藥用輔料註冊審核工作;負責藥品、醫療機構制劑的再註冊;指導建立藏藥研發和質量標準體系;監督實施非處方藥物目錄、藥物臨床試驗質量管理規範;組織實施中藥民族藥品種保護制度。
(六)藥品安全監管處(醫療器械監管處)。
監督實施藥品生產、醫療機構制劑配制、中藥材生產的質量管理規範;承擔放射性藥品、麻醉藥品、毒性藥品、精神藥品和藥品類易制毒化學品的監督管理工作;指導開展藥物不良反應及藥物濫用監測工作;參與擬訂省級基本藥物目錄;承擔醫療器械生產、經營許可、醫療器械安全監管工作及第壹類醫療器械登記備案工作;監督實施國家醫療器械標準、醫療器械產品分類管理目錄,承擔第二類醫療器械的註冊和監督管理工作;監督實施醫療器械臨床試驗、生產和經營質量管理規範;組織開展醫療器械檢測及不良事件監測工作。
(七)稽查處(藥品流通監管處)。
組織開展藥品、醫療器械監督檢查,依法查處藥品、醫療器械、保健食品、化妝品重大違法案件;指導協調全省稽查工作;組織開展對突發事件的應急處理;編制藥品、醫療器械監督抽驗計劃並組織實施,發布質量公告;監督藥品、醫療器械、保健食品、化妝品廣告;指導和監督有關稽查執法、應急管理、廣告管理、產品召回和案件查處工作;承擔藥品批發經營企業許可證核發及管理工作;承擔藥品流通、使用環節的日常監管工作;承擔流通領域處方藥和非處方藥的分類管理工作。