壹、從功能主治上：牛黃解毒片用於火熱內盛，咽喉腫痛，牙齦腫痛，口舌生瘡，目赤腫痛。牛黃上清片用於清熱瀉火，散風止痛。用於頭痛眩暈，目赤耳鳴，咽喉腫痛，口舌生瘡，牙齦腫痛，大便燥結。簡單地說就是牛黃解毒片用於清泄肺胃中焦之火，而牛黃上清片則泄上、中、下焦之火。
二、從成分組成上：都含有牛黃、黃芩、石膏、大黃、桔梗、冰片、甘草7味藥，不同的是人工牛黃、人工牛黃、薄荷、菊花、荊芥穗、白芷、川芎、梔子、黃連、黃柏、黃芩、大黃、連翹、赤芍、當歸、地黃、桔梗、甘草、石膏、冰片。人工牛黃、薄荷、菊花、荊芥穗、白芷、川芎、梔子、黃連、黃柏、黃芩、大黃、連翹、赤芍、當歸、地黃、桔梗、甘草、石膏、冰片。人工牛黃、薄荷、菊花、荊芥穗、白芷、川芎、梔子、黃連、黃柏、黃芩、大黃、連翹、赤芍、當歸、地黃、桔梗、甘草、石膏、冰片。人工牛黃、薄荷、菊花、荊芥穗、白芷、川芎、梔子、黃連、黃柏、黃芩、大黃、連翹、赤芍、當歸、地黃、桔梗、甘草、石膏、冰片。牛黃解毒片含有1味雄黃，牛黃上清片除以上7味藥外還含有薄荷、菊花、荊芥穗、白芷、川芎、梔子、黃連、黃柏、連翹、赤芍、當歸、地黃12味藥1。
三、從臨床不良反應上，盡管這兩種藥品說明上都表明尚不明確，但是近年來，大部分人濫用牛黃上清片和牛黃解毒片降火，導致大量不良反應事件發生，統計臨床文獻可以發現牛黃解毒片不良反應為砷中毒，雄黃主要成分為三氧化二砷，砷類化合物與體內酶蛋白的巰基具有特殊親和力，可使酶失去活性，影響細胞正常代謝甚至導致細胞死亡，因而引起人體各系統功能和損傷，如出現過敏性休克、胸悶、氣急，喉頭堵塞感，口唇發紺、皮膚明顯角化增厚，皮膚紅疹，癢、惡心，嘔吐、便血等2。牛黃上清片因不含雄黃不良反應較牛黃解毒片發生率較低。
註意事項：1、嚴格按照牛黃解毒片藥品說明書用量口服藥品，不得盲目增加劑量和延長用藥時間。根據牛黃解毒片說明書推薦：口服每日2-3次，每次3片，每片（大片）含硫磺0.033g3，成人每日服用的最大劑量超過了2015版《中國藥典》成人每日服用硫磺劑量不得超過0.05-0.1g最大服用量的3倍，且砷在人體內吸收快，排泄慢（半衰期為280天）僅服用壹次，須3-4天才能排凈，因此在臨床使用牛黃解毒片過程中應壹定不要超劑量使用，年老、年幼或體弱患者，應降低給藥劑量，減少服藥次數，小兒、孕婦、哺乳期婦女忌用，以免影響嬰幼兒的 健康 。
2、由於牛黃解毒片和牛黃上清片組方中都含有大黃（大黃含鞣質），註意避免與四環素族、磺胺類以及紅黴素、灰黃黴素、林可黴素、氯黴素、阿莫西林、利福平、異煙肼等同服。
3、正確選擇適應證，必要時應在醫生指導下應用，牛黃上清片服藥三天後癥狀仍未緩解，應去醫院就診，不能久服或濫用，確保用藥安全。
參考文章：
1、牛黃解毒片藥品說明書北京同仁堂制藥、牛黃上清片藥品說明書
2、臨床中藥學服務手冊含毒性藥材制劑合理用藥實踐，張冰p65-69
3、《中華人民***和國藥典》2015版壹部p661