1989年，公司晉升為國家二類企業。現為上海市高新技術企業。
1995年5月，公司被上海市政府列入第壹批現代企業制度試點企業。
1996 9月16公司改制為國有獨資的上海五洲藥業有限公司..
2001年4月28日，上海五洲藥業有限公司成立。本公司壹貫重視上述產品的產品質量，以贏得客戶的信任。
註冊於1912的五洲牌在國內外享有很高的聲譽。
進入市場經濟和改革開放以來，公司積極發展與國內外科研機構的合作關系，與美洲、歐洲、南美和東南亞的大公司建立了各種合作關系。
公司產品利福平兩次獲國家金獎，多西環素獲國家銀獎。安乃近、異煙肼、氨基比林和乙胺丁醇分別被國家醫藥管理局和上海市授予優質產品稱號。
公司以1997萬元的銷售收入，被上海市統計局和上海現代統計產業發展中心列為“上海市銷售收入1997 500強工業企業”第476位。被《解放日報》評為上海市工業企業500強。
1998國家統計局中國統計員辦公室與中國商品學會共同建立中國國家品牌競爭力調查並發布；1998組委會承辦的中國國家品牌調查統計:我公司生產的產品在市場占有率、品牌知名度、質量信譽、服務滿意度、價格合理性五項指標中榮獲“中國同行業十大品牌”稱號。
1999年6月，公司頭孢拉定產品榮獲香港國際化學工業協會和新加坡化學工業協會聯合舉辦的1999國際化學工業科技成果博覽會暨成果推介會優秀成就獎。
該公司有權自行進出口產品。主要產品以出口為主，年出口創匯12萬美元以上。公司主要產品強力黴素和銀蓮花暢銷國際市場。
頭孢拉定制劑產品1999占據市場份額第壹。