醫療保險基金應當專款專用，任何組織或者個人不得侵占或者挪用。第二章監管職責第五條市、縣(市)區人民政府應當加強對醫療保險行政監督管理工作的領導，建立健全醫療保險基金使用監督管理機制和基金監管執法體系，加強醫療保險基金使用監督管理能力建設，為醫療保險基金使用監督管理提供保障。第六條市醫療保障行政部門是本市醫療保險的行政主管部門，按照規定負責本市醫療保險的監督管理。縣(市)區醫療保障行政部門負責本行政區域內的醫療保險監督管理工作。
醫療保障行政部門可以依法委托符合法定條件的組織，對定點醫療機構、用人單位和參保人員違反醫療保險法律、法規和規章的行為進行監督檢查。
醫療保障行政部門可以通過政府購買服務的方式，委托第三方機構承擔醫療保險經辦和審核的事務性部分。第七條醫療保險經辦機構應當建立健全業務、財務、安全和風險管理制度，嚴格執行醫療保險基金財務制度，加強內控管理，負責服務協議管理、費用監控、資金撥付、待遇審核和支付，定期向社會公開醫療保險基金收支和結余情況，接受社會監督。第八條稅務機關主要履行下列職責:
(壹)負責本市醫療保險費的征繳，按照醫療保險經辦機構核定的應繳數額按時足額征繳醫療保險費，並按規定及時繳入國庫；
(二)向醫療保險經辦機構提供參保單位、城鎮職工和城鄉居民的繳費入庫信息，並與醫療保險經辦機構建立信息共享機制和欠費對賬機制；
(三)負責醫療保險費。第九條財務部門主要履行以下職責:
(壹)負責落實政府對醫療保險等專項醫療資金的財政補貼政策；
(二)實行醫療保險基金專賬管理，確保基金保值增值；
(三)審核醫療保險經辦機構編制的醫療保險基金年度預決算報告，按時足額向醫療保險經辦機構撥付醫療保險基金；
(四)監督檢查醫療保險經辦機構的財務會計制度和專賬管理；
(五)監督醫療保險基金預算的執行和調整；
(六)監督檢查醫療保險基金銀行遵守有關法律法規的情況。第十條其他相關行政管理部門主要履行以下職責:
(壹)衛生行政部門負責監督檢查定點醫療機構遵守衛生管理法律法規的情況，依法查處醫療服務過程中的違法行為，及時報告並配合醫療保障行政部門查處醫療保險違法行為；
(二)市場監督管理部門負責依法監督管理藥品零售企業的藥品質量，依法查處藥品經營過程中的違法行為，及時報告並配合醫療保障行政部門查處醫療保險違法行為；
(三)審計部門負責依法對醫療保險基金的收支、管理和保值增值進行審計監督；對定點醫療機構、參保單位和參保人員延伸審計中發現的問題，應及時向相關部門通報審計結果；
(四)公安機關負責依法查處騙取醫療保險基金的違法犯罪活動，依法及時處理醫療保障行政部門移送的案件和公民、法人及其他組織舉報的案件線索。