中醫治療小兒腹瀉，是根據糞便性狀與癥狀表現，分辨寒熱、審查虛實而進行分型論治。
（1）傷食泄：癥見脘腹脹滿，肚腹作痛，痛則欲瀉，瀉後痛減，糞便酸臭，或如敗卵，噯氣酸餿，或欲嘔吐，不思飲食，夜臥不安，舌苔厚膩，或微黃。
治宜去積消食，主要采用消導之品，以助脾胃消化，同時應節制乳食，常用方劑為保和丸加減：神曲10g，麥芽5g，谷芽5g，山楂10g，茯苓10g，黃連3g，半夏5g，陳皮3g。如腹痛較劇及氣脹者，加木香、厚樸以理氣消脹；嘔吐較甚者，加藿香、生姜以辛香止吐。
還可服用小兒七珍丹。若伴口渴者，可用大黃粉，以助通便。
（2）風寒瀉：泄瀉清稀，中多泡沫，無明顯臭味，腹痛腸鳴，或兼惡寒發熱，鼻塞流涕，舌苔白膩，脈浮有力。
治宜祛寒化濕，主要采用芳香化濕藥品，以疏風散寒化濕，常用藿香正氣散加減：藿香3g，紫蘇5g，半夏5g，茯苓10g，炒白術10g，陳皮3g，澤瀉10g。若腹痛較甚者，加木香、砂仁以理氣止痛；兼有食滯者，加山楂以消食導滯；小便短少者，加澤瀉、豬苓以滲濕利尿。
（3）濕熱瀉：癥見瀉下稀薄，水分較多，或如水註，糞色深黃而臭，或見少許黏液，腹部時感疼痛，食欲不振，或伴泛惡，肢體倦怠，發熱或不發熱，口渴，小便短黃，舌苔黃膩。
治宜清熱利濕，主要采用清利藥品以解表清裏利濕，常用加味葛根芩連湯：葛根5g，黃芩5g，甘草3g，茯苓10g，澤瀉10g，厚樸5g，車前草10g，神曲10g。若小便澀赤而短者，加六壹散（滑石、甘草）以清熱利濕；腹痛甚者，加白芍、木香以理氣止痛；嘔吐頻者加半夏、生姜汁或玉樞丹以降逆辟穢；濕邪偏重，口不甚渴者，加蒼術以燥濕；高熱、煩渴引飲者，加石膏、寒水石以清熱除煩。
（4）脾虛瀉：大便稀溏，多見食後作瀉，色淡不臭，時輕時重，面色萎黃，肌肉消瘦，神疲倦怠，舌淡苔白。且常反復發作。
治宜健脾止瀉，主要采用健脾益氣止瀉藥品，以健脾理氣化濕，常用加味參苓白術散：黨參10g，炒白術5g，茯苓10g，懷山藥10g，炒薏苡仁10g，炒白扁豆10g，陳皮3g，砂仁5g，烏梅10g，炙甘草10g。若時見腹痛，加木香以理氣止痛；久瀉不止，而無夾雜積滯者，加煨訶子肉、赤石脂以固腸止瀉；大便稀或水谷不化者，加幹姜以溫中散寒。
（5）脾腎陽虛：癥見久瀉不止，食入即瀉，糞質清稀，完谷不化，或見脫肛，形寒肢冷，面色白，精神萎靡，睡時露睛，舌淡苔白，脈象細弱。
治宜溫補脾腎，常用健脾益氣湯合四神丸：補骨脂10g，煨肉豆蔻5g，五味子5g，人參3g，炒白術10g，茯苓10g，吳茱萸5g。脫肛者，加黃芪、炙升麻以升提中氣；久瀉不止者，加煨訶子肉、赤石脂、禹余糧等以收斂固澀。
上述腹瀉，如果治療不當或不及時，常可發生傷陰或傷陽變證。