1、提交備案申請。根據有關規定，從事第二類醫療器械經營、經營的企業應到所在地市級食品藥品監督管理部門備案，填寫第二類醫療器械經營備案表，並提交企業負責人、質量負責人的身份證明、學歷證明或職稱證書復印件，以及企業倉庫地址的房屋產權證明文件和租賃協議等資料；
2、審查。材料提交後，食品藥品監督管理部門將當場對企業提交的資料進行完整性檢查，申請材料齊全且符合法定形式的，則受理備案資料，並向企業出具第二類醫療器械經營備案憑證。
第二類醫療器械經營備案憑證辦理材料：
1、《醫療器械經營許可申請表》（原件1份）；
2、《營業執照》（復印件）；
3、組織機構代碼證（復印件）；
4、法定代表人、企業負責人、質量負責人的身份證明、學歷或職稱證明（復印件）。
5、質量管理人員的工作簡歷（原件1份）；
6、專業技術人員名單（原件1份）及專業技術人員的身份證、學歷證明、職稱證書（復印件各1份）；
7、組織機構和部門設置情況說明；
8、經營範圍、經營方式說明；
9、經營場所、倉庫地址的地理位置圖、平面圖、房屋所有權證明文件或由房屋租賃人出具的房屋租賃證明復印件。屬倉儲委托第三方物流的醫療器械，提供委托合同（復印件）；
10、經營設施、設備目錄。
綜上所述，第二類醫療器械經營備案憑證的辦理程序為，提交備案申請。根據相關規定，從事第二類醫療器械經營的，經營企業應到所在地市級食品藥品監督管理部門備案，填寫第二類醫療器械經營備案表，並提交企業負責人、質量負責人的身份證明、學歷證明或職稱證書復印件，以及企業倉庫地址的房屋產權證明文件和租賃協議等資料。
法律依據：
《醫療器械監督管理條例》第二十壹條
已註冊的第二類、第三類醫療器械產品，其設計、原材料、生產工藝、適用範圍、使用方法等發生實質性改變，可能影響醫療器械安全性、有效性的，註冊人應當向原註冊部門申請辦理變更註冊手續 其他變更，應當按照規定向國務院藥品監督管理部門備案或者報告。