以手工結算流程為例，需要經過初審、錄入、結算三個階段。
壹、初審。
受理機構經辦人員首先應對居民需手工報銷的就醫備案情況進行核實後，同時核實以下紙質資料：
（1）基礎資料：發票原件、費用總清單原件、出院證或疾病診斷證明書、門診病歷原件（僅指特殊疾病）或住院病歷復印件（特殊情況無法提供病歷復印件，可用出院記錄原件代替）。以上資料均需加蓋就醫醫院鮮章。
（2）身份證（戶口簿，新生兒出生醫學證明）原件、復印件，社保卡原件、復印件（如果是委托辦理的，還需被委托人身份證原件、復印件及雙方簽字的委托書）。
（3）就醫醫院等級證明。
（4）因外傷住院的，除作常規初審外，還應要求申報居民提供受傷經過承諾書。
二、錄入及復核。
初審合格的，經辦人員對申報居民醫療費用按藥品、診療、服務設施費用分為100%自付、20%自付、15%、10%自付、100%報銷等分別錄入居民醫保系統；或明細補錄入居民醫保系統，軟件自動計算應由醫保基金支付的報銷金額。
對初審不合格的，應將材料全部退還申報人。如居民有需補充的資料，經辦人員應告知還需補充的報銷資料。
三、報銷（結算）
（1）醫保經辦機構受理手工結算時，對復核合格的應由居民醫保基金支付的，按照規定告知申報人員，原則上通過參保人社保卡銀行賬戶或其他指定賬戶進行支付。
（2）指定機構受理異地就醫手工結算時，對復審合格的應由居民醫保基金支付的，由指定機構先行墊付報銷給參保居民，並履行簽字手續，次月初按規定報區縣醫保經辦機構，區縣經辦機構再按規定撥付其墊付費用。
指定定點醫療機構每月前5日內，將手工費用結算報表（包含在《結算申報表》中）及有關資料報區縣醫保經辦機構審核。
擴展資料：
首先醫保報銷的住院和門診費用都必須是醫保目錄（藥品目錄、診療目錄、服務設施目錄）內的，不是產生的所有費用醫保都報銷。
在指定機構受理異地就醫手工結算時，對復審合格的應由居民醫保基金支付的，由指定機構先行墊付報銷給參保居民，並履行簽字手續，次月初按規定報區縣醫保經辦機構，區縣經辦機構再按規定撥付其墊付費用。
而指定定點醫療機構每月前5日內，將手工費用結算報表（包含在《結算申報表》中）及有關資料報區縣醫保經辦機構審核。
重慶市合川區人力資源和社會保障局-重慶市城鄉居民合作醫療保險