實體程序的含義
註冊會計師實施的實質性程序應當包括以下與財務報表編制完成階段相關的審計程序:(1)將財務報表與其所依據的會計記錄進行核對；(2)檢查財務報表編制過程中的主要會計分錄及其他會計調整。註冊會計師檢查會計分錄和其他會計調整的性質和範圍取決於被審計單位財務報告過程的性質和復雜程度以及由此產生的重大錯報風險。由於註冊會計師對重大錯報風險的評估是壹種判斷，不壹定能夠完全識別所有的重大錯報風險，而且由於內部控制固有的局限性，無論重大錯報風險的評估結果如何，註冊會計師都應當對所有重大交易、賬戶余額和列報實施實質性程序。
特殊風險的實質性程序
如果在已確定的評估水平下，重大錯報風險被視為特殊風險，註冊會計師應針對該風險實施實質性程序。例如，如果考慮到管理層有實現利潤目標的壓力，可能提前確認收入，註冊會計師在設計確認函時，不僅要考慮應收賬款的賬戶余額，還要考慮銷售協議的詳細條款(如發貨、結算和退貨條款)；註冊會計師也可以考慮在執行《確認書》的基礎上，向被審計單位的非財務人員詢問銷售協議及其變更情況。
如果僅對特殊風險實施實質性程序，註冊會計師應當使用詳細測試或者將詳細測試與實質性分析程序相結合，以獲取充分、適當的審計證據。這壹規定的考慮是，為了應對特殊風險，需要獲取高度相關和可靠的審計證據，僅實施實質性分析程序不足以獲取充分和適當的關於特殊風險的審計證據。