例如，在分離幾種陰離子時，樣品溶液註入後，首先與分析色譜柱的離子交換位點直接交換（即保留在色譜柱上）。例如，如果使用 NaOH 作為淋洗液來分析樣品中的 F-、Cl- 和 SO42-，則保留在色譜柱上的陰離子會被淋洗液中的 OH 基團置換，並從色譜柱中洗脫出來。與樹脂親和力弱的分析物離子在與樹脂親和力強的分析物離子之前依次被洗脫，這就是離子色譜的分離過程，洗脫液通過化學抑制器，將洗脫液的本底電導率抑制到最低，這樣當分析物離開電導池時，就會有壹個大的、可準確測量的電導信號。
離子色譜法主要用於分析環境樣品，包括地表水、飲用水、雨水、汙水和工業廢水、酸性沈澱物和大氣顆粒物樣品中的陰離子和陽離子，以及水中痕量雜質和微電子工業相關試劑的分析。
此外，它還廣泛應用於食品、衛生、石化、水和地質等領域。
經常檢測到的常見離子有：
陰離子：F-、Cl-、Br-、NO2-、PO43-、NO3-、SO42-、甲酸、乙酸、草酸等。
陽離子：Li+、Na+、NH4+、K+、Ca2+、Mg2+、Cu2+、Zn2+、Fe2+、Fe3+ 等。
離子色譜法分離測定常見陰離子是它的特長，壹槍把樣品打進去，大約20分鐘以內就能得到七種常見離子的測定結果，這是其他分析手段無法實現的，在陽離子的測定上離子色譜法與AAS法和ICP法相比還沒有顯示出優越性。
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