辦公室
協助學院領導協調、處理行政事務和綜合管理工作；承擔學院資金結算、財務運行分析、下屬機構的財務監督審計工作；承擔人事勞資、文秘檔案、綜合信息統計工作；承擔學院黨務工作及黨風廉政建設；承辦高級研修學院交辦的其他工作。
教務處
承擔教學培訓電子文檔化和教務管理工作；承擔教學培訓質量評估和教學培訓的分析研究工作；承擔動態的培訓師資庫和圖書館的管理工作；承擔遠程網絡教育、課件制作和高級研修學院網站建設管理；承擔教學設備的技術保障工作；承辦高級研修學院交辦的其他工作。
教研室
承擔本系統隊伍建設的培訓規劃及教育培訓目標、內容、方法等課題研究與開發應用工作；承擔本系統隊伍培訓教材的編寫工作，負責教材建設中相關問題的研究、論證等工作；協助國家食品藥品監督管理局對本系統培訓工作進行指導和專業技術人員管理的相關工作；承擔國家食品藥品監督管理局委托的軟課題調研任務；承擔本系統崗位培訓教學授課工作；依法組織本系統人員開展學歷、學位教育；承辦高級研修學院交辦的其他工作。
培訓壹處
承擔國家食品藥品監督管理局教育培訓計劃的課程開發和組織實施工作；承辦局管公務員的培訓學習、考核及培訓檔案管理工作；承擔執業藥師考前培訓和師資培訓工作；承辦高級研修學院交辦的其他工作。
培訓二處
承擔藥品監督管理教育培訓計劃的課程開發和組織實施工作；開展職業資格培訓及相關工作；根據經濟社會發展的要求及監督管理的需要，面向社會開展法律法規培訓、繼續教育及相關教材編寫工作；依法組織開展相關學歷、學位教育；承辦高級研修學院交辦的其他工作。
培訓三處
承擔食品、保健品、化妝品教育培訓計劃的課程開發和組織實施工作；根據經濟社會發展的要求及監督管理的需要，面向社會開展法律法規培訓、繼續教育及相關教材編寫工作；依法組織開展相關學歷、學位教育；承辦高級研修學院交辦的其他工作。
培訓四處
承擔醫療器械和藥品流通領域監督管理教育培訓計劃的課程開發和組織實施工作；根據經濟社會發展的要求及監督管理的需要，面向社會開展法律法規培訓、繼續教育及相關教材編寫工作；依法組織開展相關學歷、學位教育；承辦高級研修學院交辦的其他工作。
綜合處
承擔學院基建、固定資產管理及後勤服務保障工作；承擔學院教學培訓服務保障的具體工作；負責學院環境衛生、計生醫保、車輛管理和社會治安綜合治理工作；承辦高級研修學院交辦的其他工作。