黃連素在臨床中壹直作為非處方藥用於治療腹瀉，但是現代藥理學研究證實黃連素具有顯著的抗心力衰竭、抗心律失常、降低膽固醇、抗制血管平滑肌增殖、改善胰島素抵抗、抗血小板、抗炎等作用，因而在心血管系統和神經系統疾病方面將可能有廣泛、重要的應用前景，日益受到重視。
用中醫學解釋，此類藥物性涼，能清除邪熱或虛熱，清除有害毒物，自古以來就是中醫手中的壹味清熱解毒良藥。通常每次口服0.1~0.5克，每日三次。
居家良藥勿越界使用
是眾多治療腹瀉藥物中最為大家熟知、價格便宜、服用簡單、攜帶方便的藥物之壹。所以，幾乎家家戶戶備有此藥，無論出差還是旅遊，黃連素更是人們的必備藥物之壹。許多人在腹瀉時第壹時間就會想起它。應當說，它是壹種物美價廉的好藥。不過，要用好它，還是有許多訣竅的。
在兩年多前，國家藥監局曾公布了壹批停用的藥品，其中包括復方黃連素片和復方黃連素註射液，有媒體誤報黃連素已停用，引起了很大的誤會。所謂的“復方黃連素”，是按照地方標準生產的藥物，此次停用是因為“質量不可控”，該藥與我們常說的黃連素是完全不同的藥物。黃連素仍收錄於國家基本藥品目錄，使用非常安全。雖然黃連素是良藥，但不可亂用，應正確選用。首先，對於全身性感染疾病，不適宜選擇黃連素，因為它口服吸收極差，幾乎停留在胃腸道，不易透過胃腸道進入血液，所以只適合胃腸消化道炎癥性疾病。
其次，腹瀉的原因很多，總體可分感染性腹瀉，多呈急性腹瀉；非感染性腹瀉，多呈慢性腹瀉。由上面對黃連素藥理作用的介紹可知，黃連素只適用於感染性腹瀉。胃腸感染表現可輕可重，輕者僅腹痛、腹瀉，重者會有惡心、嘔吐、發熱寒戰、食欲不振，嚴重時導致脫水、酸中毒、休克。壹般而言，對輕型炎癥可以選用黃連素，對於重型則必須合用抗感染作用強的抗生素。
而慢性非感染性腹瀉的病因復雜，腸易激綜合征、潰瘍性結腸炎、營養不良、內分泌疾病、肝硬化、尿毒癥、過敏性疾病、癌癥等，都可以導致慢性腹瀉。對非感染性的腹瀉、腹痛，黃連素是毫無作用的。像常見的過敏性蕁麻疹胃腸型，如果不采取解除過敏綜合治療，僅用黃連素是控制不了腹瀉的。而腸易激綜合征的患者，在吃2~3片黃連素後，腹痛、腹瀉常常會消失，但這並非黃連素的功勞。因為腸易激綜合征是可自行緩解的疾病，但又是反復發病難以根治的病癥，其腹瀉癥狀的消失，與吃黃連素無關。
在日常生活中，有人為了避免腹瀉，在外出吃飯、遊旅之時，提前吃上幾片黃連素，這種做法並不妥當。因為這樣做，可以說是壹種對細菌的“挑逗”行為，會讓細菌產生耐藥性。而且預防的劑量通常都不會太大，細菌在與藥物抵抗中容易“獲勝”。如果經常這樣“鍛煉”細菌，只能使細菌“抵抗”經驗豐富，由弱變強，有害無益。
黃連素口服後，只停留在腸道內不被吸收，故不良反應很小。有科學家曾給小鼠按每千克體重8克的用量服用黃連素，24小時後尚有半數存活。如果換作60千克的人，相當於每天吃上接近250克黃連素。當然，“是藥三分毒”，口服黃連素後也可能會產生惡心、嘔吐、和藥物熱等不良反應。而且，由於黃連素具有壹定的固澀止瀉作用，有的人在服用黃連素之後腹瀉可能是止住了，但繼之又發生了便秘。另外，經常服用黃連素易產生耐藥性，不僅不能消除腹瀉、腹痛，甚至還會加劇腹瀉、腹痛，以及其他壹些想避免卻又忽視了的不良反應。