消毒是杜絕傳染源並確保豬群健康的壹項重要措施，通常可分預防性消毒和疫源性消毒。前者是指無傳染病發生時，對畜舍、用具、場地、飲水等進行消毒，後者是在發生傳染病時及發生傳染病後，為控制病原的擴散對已造成汙染的環境、畜舍、飼料、飲水、用具、場地及其他物品進行全面徹底的消毒。
消毒的步驟：①機械性清掃，②用化學消毒液消毒。
機械性清掃是通過清掃、沖洗、洗刷等壹系列搞好畜舍環境衛生方法，可使畜舍微生物汙染程度大大下降。在清掃和沖洗後再用化學藥物進行消毒，可達到預期消毒目的。
豬場常用消毒藥的使用：
a.氫氧化鈉（燒堿、火堿、苛性鈉）：對細菌、病毒均有強大滅菌力，對細菌芽孢、寄生蟲卵也有殺滅作用。常配成2-3%的溶液，用於出入口、運輸工具、空欄、料槽等的消毒。腐蝕性強，使用時要小心，勿濺到工作人員身上，尤其是眼睛和手。
b.生石灰：主要成分是氧化鈣，遇水生成氫氧化鈣，起到消毒作用。其消毒作用不強，只對大部分繁殖型細菌有效，對芽孢無效。使用時，先將生石灰與水按1：1的比例，制成熟石灰，再用水配成10-20%的混懸液用於消毒。石灰乳宜現用現配。
c.過氧乙酸：過氧乙酸為強氧化劑，對細菌、病毒、黴菌和芽孢均有殺滅作用，作用快而強。常用0.3-0.5%的溶液用於地面、墻壁消毒，也可用於空欄熏蒸消毒，壹般按每立方米1-3克，稀釋成3-5%溶液，加熱熏蒸（室內相對溫度60-80%），禁閉門窗1-2小時。過氧乙酸對皮膚、粘膜有腐蝕作用，高濃度時加熱至60℃能引起爆炸，使用時要當心。過氧乙酸很不穩定，配制好的溶液只能保存幾天，宜現配現用。市售制品為20%、40%溶液，有效期為半年。
d.福爾馬林（40%甲醛）：福爾馬林為強大的廣譜殺菌劑，能迅速殺滅細菌、病毒、芽孢、黴菌。福爾馬林在實際中廣泛用於空豬舍熏蒸消毒，即每立方米空間15-30毫升加等量的水加熱蒸發，或加高錳酸鉀（其與福爾馬林的比例為3：5）氧化蒸發；也可用2-4%的福爾馬林溶液進行地面、墻壁、用具消毒。由於熏蒸必須有較高的溫度和濕度，故在熏蒸前要噴水增濕。
e.菌毒滅：菌毒滅是我國生產的壹種新型廣譜、高效的復合酚類消毒劑，在有效稀釋濃度內對人畜無毒、無害。主要用於帶豬環境消毒，常用預防消毒濃度0.3-0.5%，病原汙染的場地消毒濃度1%。使用時應註意嚴禁用噴灑農藥的噴霧器，嚴禁與堿性藥品或其他消毒液混合使用，以免降低消毒效果或引起意外。
f.百毒殺：百毒殺為雙鏈胺鹽類消毒劑，安全、高效、無腐蝕、無刺激，消毒力可續10-14天。常用於有豬圈舍、環境、用具等的消毒（濃度0.01—0.03%）和飲水消毒（0.005—0.01%）。
消毒方法：
畜舍消毒：全進全出的豬場，在引進豬群前，空豬舍要進行徹底消毒。包括：糞便、墊料、汙物的清除及無害處理（如發酵、燒毀等）；地面、墻壁、門窗、飼糟、用具等進行沖洗或洗刷；畜舍幹燥後，用消毒藥液噴灑消毒，選擇藥液濃度可按說明書規定濃度適當提高0.5—1倍，消毒後最好關閉門窗，24小時後開窗通風。畜舍消毒，如菌毒敵、過氧乙酸、福爾馬林、氨水均可選擇。對於種豬舍，可采用0.05%的過氧乙酸或0.5%的強力消毒靈等噴灑消毒，豬群可不必轉移。汙水可按每升加2—5克漂白粉消毒。
用具的消毒：食糟、飲水器、載運車輛等除每天刷洗外，定期用0.1%新潔爾滅、強力消毒靈或抗毒堿等消毒。
臭氧消毒技術：1、對於密閉性好的豬舍，將臭氧沖註到舍內；2、制成臭氧水，噴淋消毒。這是壹種新型的消毒技術，沒有二次汙染，需要臭氧制備設備。
殺蟲：
首先做好消滅蚊蠅工作，可選用敵百蟲、敵敵畏、倍硫磷等殺蟲藥。敵百蟲可用0.1%水溶液噴灑，倍硫磷可用0.05—0.5%的濃度，敵敵畏殺蟲效果好，但應註意對人畜的毒性。
滅鼠：
首先對畜舍、飼料庫等場所應註意做到防鼠的要求。特別對飼料的保藏處要杜絕有鼠的進出。滅鼠藥的選用要選擇諸如敵鼠鈉鹽、安妥等對人、畜毒性低的毒鼠藥。常用0.05%毒餌，與谷物混勻。毒餌應置對人、畜均安全之處。