《本草綱目》收錄藥物1892種，繪制藥物圖片1109張，附處方11096張。采集的藥物根據其天然來源和屬性分為16份；在同壹個部門內，以類別相近為目的分為60類，壹目了然。李時珍的藥物分類在前人的基礎上做出了創造性的貢獻，具有相當高的科學價值。如其收集的65，438+0，094種植物藥，是根據其根、莖、葉、花、果的特征，以及其味、形、生長環境、習性與人類生活的關系，綜合分析、歸納、比較而鑒別出來的。李時珍的動物藥分類尤其具有很高的科學價值。在書中，444種動物藥物被分為六個部分:昆蟲、鱗片、媒介、鳥類、動物和人。其中，昆蟲學描述的相當於無脊椎動物；秤中所描述的相當於魚；有壹些媒體描述的爬行動物和兩棲動物；家禽部描述的相當於鳥類；動物部所描述的是指哺乳動物；人系指的是人。這種排列順序被李時珍認為是“從賤到貴”。這既不是醫學的經濟價值，也不是動物的大小，而是指動物從簡單到復雜，從低級到高級的發展過程。有個例子可以證明，李時珍所說的高尚，確實是對動物發展的肯定，絕不是它存在的經濟價值和社會價值。比如封建社會至高無上的龍鳳，都被劃入了低級的秤禽部。《本草綱目》對動物藥的分類確實具有生物進化的進步思想。《本草綱目》也科學地指出，鳥生於森林，故其羽如葉；動物生於山中，故毛如草，毛有四季，色有五向。本文充分論證了動物為了生存和適應環境而變異的生物學特征。在談到家養物種和馴化時，指出野生動物可以人工馴化，而家養植物則躺在野外。其實就是用人工的方法對生物變異和動物遺傳的壹些特征的認識。
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