中藥系是我省高職高專院校中唯壹培養中藥類高技能人才的教學單位，主要培養中藥材生產、加工及經營，中藥飲片炮制、鑒別及銷售，中藥提取物制備及檢測，中成藥生產、檢測及銷售等方面的高等技術應用型人才，具有較強的師資力量，現有教師46人，教授3人，副高級職稱教師10人；具有碩士學位教師14人，在讀碩士13人；執業藥（醫）師資格26人，“雙師”素質教師占教師總數的100% 。省級“雙師型”教學名師3人，省級“雙師型”優秀教師1人，獲得省級獎勵表彰者9人次。2名教師被遴選為省委組織部高級聯系專家，5名教師入選省食品藥品監督管理局專家庫。建設有1 個校級教學團隊、1個省級教學團隊和1個國家級教學團隊，其中現代中藥技術核心課程教學團隊榮獲國家級教學團隊，是醫藥類高職院校唯壹獲此殊榮的團隊。
該系現設有中藥、中藥鑒定與質量檢測、中藥制藥技術、現代中藥技術四個高職專業和1 個中藥制劑中職專業，其中現代中藥技術專業為國家級試點專業、學院重點專業，中藥制藥技術專業為國家級教學改革試點和緊缺人才專業。校內擁有中藥標本廳、藥用植物園、實驗實訓室、仿真實訓基地和生產性實訓基地14個，校外實訓基地25個，形成了“技能訓練、綜合性實訓和創新性實驗”相結合的多層次實驗實訓教學體系，為培養學生的實際操作能力、創新能力、獨立工作和可持續發展能力提供了良好的平臺。
該系教師具有較強的教科研能力，與企業合作建設了3門國家級精品課程、7門省級精品課程和2門校級精品課程，3門國家級精品課程均在2010年7月受到教育部高職高專處通報表彰。主參編47部，其中普通高等教育“十壹五”國家級規劃教材3部，專著6部。在省級及以上刊物公開發表論文160余篇，主持1項省級科研攻關項目、5項省級教研項目，與企業合作研發獲得新藥證書2項，榮獲專利2項。獲省級教學成果壹等獎3項、省級教學成果二等獎5項，全國職業教育學會醫藥專業委員會教學成果獎2項。
該系本著以培養德、智、體、美全面發展的高技能中醫藥專門人才為宗旨，堅持以“加強校企合作，促進產學結合，培養技能型人才”為理念，強化師資隊伍建設、專業建設和課程建設。建系10多年來，各專業教學條件完善，專業特色顯明，為全國醫藥系統輸送了近萬名中藥生產、檢測、管理、經營等方面高素質技能型應用人才。近三年畢業生首次就業率達90%以上，社會滿意率達95%以上，取得了良好的社會效益。
該系將繼續深化與企業合作，積極探索醫藥高職教育人才培養新模式，拓寬學生就業渠道，提高就業質量，使中藥系成為培養醫藥類高技能人才的搖籃。 生物制藥工程系成立於2001年，目前是山西生物應用職業技術學院教師人數和學生人數最多的壹個系。圍繞專業建設這個核心，充分體現醫藥高等職業教育的特色，該系特別註重師資隊伍建設、課程建設、實訓基地建設和學生實踐動手能力的培養。目前有山西省優秀教師5名，山西省職業技術教育教學名師1名，獲得省級以上表彰者12人次，藥品質量檢測技術核心技術教學團隊2009年被評為山西省優秀教學團隊。該系的生物制藥實訓基地2008年被評為山西省示範實訓基地，2009年被評為中央財政支持的職業教育實訓基地。在全國醫藥職業技能大賽中，該系參賽學生獲得團體壹等獎1項，個人壹等獎2項；在全國生物技術技能大賽中，該系參賽學生獲個人二等獎2項，在全國同類院校中居於前列。
該系教學團隊結構合理、年富力強、實踐及指導能力強、綜合素質高。***有教師54名，其中教授2名，副教授12名；平均年齡36歲；具有碩士學位者17名，在讀碩士20名；具有國家執業藥師、執業醫師資格證16名，具有國家職業技能鑒定高級工資格證36名。
該系設置有5個教研室、8個高職專業。制藥技術教研室有生物制藥技術、藥物制劑技術兩個專業；藥品質檢教研室有藥品質量檢測技術專業；藥學教研室有藥學專業；醫藥器械與設備教研室有醫療器械制造與維修專業；食品教研室有食品營養與檢測、精細化學品生產技術（化妝品生產技術方向）、食品生物技術三個專業。其中藥品質量檢測技術專業為省級教學改革試點專業，生物制藥技術專業是該院重點建設專業，醫療器械制造與維修專業為該院與上海醫藥高等專業學校合作辦學專業，藥物制劑技術專業為該省緊缺人才培養的專業。
該系教師教研科研能力強。幾年來，與企業合作開展教研科研活動，取得了豐碩成果，其中獲國家精品課程2門、省精品課程2門，省級教學成果壹等獎2項、省級教學成果三等獎2項，全國職業教育學會醫藥專業委員會教學成果獎3項，與企業合作進行技術開發8項，其中獲新藥證書4項，獲得發明專利4項，主參編教材50余本，其中國家十壹五規劃教材1本。
該系各專業辦學條件完善，工學結合特色顯著，為社會培養了壹大批高素質、高技能的藥學專門人才，畢業生壹次性就業率達95.32%，在醫藥行業各崗位發揮骨幹作用，取得了良好的社會效益。 山西生物應用職業技術學院藥品經濟貿易系創建於2001年（前身為山西省中藥材學校經營管理教學科），壹直以來秉承“以服務為宗旨，以就業為導向，走產學結合發展道路”的高職辦學指導思想，堅持“學生為本，德育為先、技能為重”的原則，為學生提供優質的教育服務產品。現有醫藥營銷、醫藥電子商務、醫藥物流管理、醫藥連鎖經營與管理四個專業。至今已為全國培養中、高級醫藥人才約10000余人，就業率始終居於全院首位。2010年現有在校學生***計1275名。
經過多年的努力，藥品經濟貿易系形成壹支師資力量雄厚，管理隊伍精幹，具有豐富教學經驗的教學、管理隊伍。現有專兼職教師42名（碩士19名，在讀碩士5名），其中教授1名，副教授8名，講師22名，助教11名。首屆山西省職業教育教學名師1名，山西省第四屆高職高專院校優秀教師1名。擁有省級優秀教學團隊壹個，校級優秀教學團隊壹個，省級精品課程兩門，院級精品課程四門。教師科研成果顯著，在國內刊物上公開發表論文70余篇，主編教材22門、參編教材近50門，主持完成了16個省級以上科研項目。
在歷屆領導的帶領下，全系教師在長期的教學實踐和改革過程中始終堅持按教育部對高職教育的文件要求開展工作，推出壹系列切實有效的措施，形成了完善的課程體系，特別在“校企合作”上工作突出，與哈藥集團醫藥公司、長治昂生醫藥集團、山西振東制藥股份有限公司等多家醫藥企業開展了實質性的“校企合作”，與企業合作開展橫向課題研究、技術互培、安排專業課教師去企業實踐鍛煉，校企聯合組織專業技能大賽，為學生就業提供信息咨詢，在學院專業教學和社會服務中，具有較為顯著的示範引領作用。該系學生參加2008年12月教育部高職高專在杭州舉辦的“E都市杯營銷案例大賽”，全國166個參賽隊中分獲團體第二名和團體優秀獎的好成績。
藥品經濟貿易系全系師生將發揚“團結、勤奮、創新、務實”的精神，不斷進取，奮勇前進。