以上海、北京、廣州、天津、沈陽五大物流中心為基礎，逐步在各大區域建設新的現代化物流中心，各地物流倉庫連鎖化，形成主要以醫藥產品為主導資源，服務範圍覆蓋全國的綜合物流運營網絡系統，提供壹體化的物流網絡保障。 上海物流中心座落於上海市閘北區康寧路1089號，占地總面積33347平方米，園區分為辦公、倉庫、運輸三大塊，布局新穎、獨到、美觀、環保；是壹家集儲存、保管養護、轉運、包裝、商品配送於壹體多功能的大型物流企業。
倉庫由立體庫、平面庫、冷庫、特殊藥品庫組成，具備適合各類藥品的不同的儲存條件；采用立體、托盤流力、隔板等符合國際標準的貨架，以電子標簽、RF揀選、托盤存儲、自動堆垛機、輸送帶、分揀機等現代化設備進行作業，並引進先進的IT程序管理和信息技術支持，實現企業從傳統的儲存功能向現代物流的轉型， 成為國內醫藥行業率先應用信息技術成功的實例。藥品驗收、保管、收發貨復核等均嚴格按照國家SFDA管理規定實施，並取得第三方醫藥物流GSP認證，確保藥品這壹特殊商品安全、高效的從生產領域向消費領域轉移。 北京物流中心通過北京市藥品監督管理局檢查，取得《藥品經營許可證》、《醫療器械經營企業許可證》、《藥品經營質量管理規範認證證書》，於2005年獲得中成藥、化學原料藥、化學藥制劑、抗生素、生化藥品、生物制品、麻醉藥品、精神藥品（壹、二類）等藥品的第三方儲存和配送資質。
北京物流中心占地27000平方米，倉儲面積20000平方米，庫區全部采用中央空調和溫濕度自動實時監控系統，藥品分別儲存於陰涼庫、低溫庫（冷藏庫、冷凍庫）。庫區設置自動立體庫儲位，重型料架儲位，零散儲位。
北京物流中心采用先進的ERP、WMS軟件，AS/RS、電子標簽、RF、SPS、條型碼等設備和技術，並配備近60輛包括救護車、冷藏車在內的各種運輸車輛，充分滿足北京市內收貨、送貨需求，現配送已覆蓋北京市1500多家醫療機構、商業客戶。所有冷藏車輛經過專業驗證，嚴格按照運輸要求的溫度範圍控制車內溫度，所有車輛安裝GPS系統，實時監控車輛位置、車速及車廂內溫度情況。與中鐵快運、郵局、EMS、航空貨運、集裝箱運輸公司簽訂有嚴格的貨運代理協議，根據戶主需求，將貨物門到門的送達全國各地。公司配有全套完善的安全保障系統，包括安防系統、報警系統、消防系統、門禁系統、供電系統和斷電保護系統。
北京物流中心建立有完整的質量管理體系，包括公司級質量方針、質量目標、壹級質量手冊、二級控制程序文件、三級作業流程、作業指導書等，並有完善的風險控制體系。 津物流中心是國藥物流運營壹體化戰略中的重要區域樞紐之壹。天津物流中心以國藥物流的整體戰略為指導；以國藥控股區域內商流為重點服務對象；以第三方物流為發展遠景，在適合的物流成本條件下，滿足商流變化的需求並能提供切實有效的解決方案。
天津物流中心在管理上追求物流效率、強化交付能力、降低物流成本，通過對現代物流理念、技術的引入和實踐不斷創造物流的附加值，從而提升企業的品牌效應和供應鏈的核心競爭力。按照集團的戰略部署，正在啟動在天津保稅區空港物流園的現代化物流項目，壹期項目工程占地50畝，規劃建築1.5萬平方米的現代物流設。不久的將來，天津物流中心將會以更加完善的設施和良好的物流環境參與到流通領域，實現最終戰略目標。 沈陽物流中心擁有50多年生命健康產品倉儲和運輸管理經驗，擁有5630平方米符合GSP要求的標準庫房：2650平方米常溫庫，2600平方木陰涼庫，180平方米冷藏庫，200平方米特殊藥品儲藏庫。
沈陽物流中心以“為客戶提供壹體化的物流解決方案”為企業使命，通過引入現代物流理念，對內推動管理流程優化再造，實現資源重組，達到有效的供應鏈集成，提高企業核心競爭力；對外通過為客戶提供專業的物流服務，建立醫藥及健康產品優秀物流服務供應商的品牌地位。
沈陽物流中心為客戶提供倉儲管理、門到門配送、退貨管理、流通加工、簽單返回、低溫儲存和冷鏈控制等物流服務。運輸服務網絡覆蓋東北三省及內蒙東部的所有地級以上城市和部分縣級城市。沈陽物流中心訂單日處理能力5800筆，日吞吐貨物8000件，運輸日處理能力4400件。能夠保證客戶的產品快速、準確、及時到達配送終端、推行的標準化作業流程確保對客戶服務的專業性和壹致性。
沈陽物流中心已經建立ISO9000服務質量管理體系，並且通過國家食品藥品監督管理局的GSP認證。沈陽物流中心將通過自身服務能力的不斷提升，為客戶提供專業的有價值的物流服務，成為東北地區壹流的生命健康產品物流服務供應商。 太原物流中心壹期建成於2010年5月，位於太原經濟技術開發區龍城街2號，使用面積6500平方米，由立體庫、平面庫、冷庫、特殊藥品庫組成。山西物流中心以國藥物流先進供應鏈管理理念為指導，以符合國際標準化、現代化的物流設備為支撐，以GSP和ISO9001質量管理體系為基礎，采用國內領先的自動化、信息化系統集成控制，通過網絡信息系統完成從訂單到出倉的整個業務流程，滿足分銷業務、純銷業務、快批業務和終端配送業務的需求。是山西省內最大最先進的物流配送中心。