在“不求規模最大，但求效益最好”，“不求品種很多，但求品種最大”，“要麽唯壹，要麽第壹”的經營理念的指導下，公司在科研開發方面也取得了顯著成效。公司主要產品有：新賽斯平（國內第壹家高效免疫抑制劑）、百令膠囊（浙江省50年來第壹只國家中藥壹類新藥）、卡博平（國內第壹家生產）、G-CSF（國內第壹家基因工程藥品）、卡斯邁欣、泮立蘇、卡司平、泰能、舒降之、保列治、吉粒芬等。
在全體華東人的努力下，華東醫藥集團公司連續三年被列入中國最大500家企業集團之列，2003年被列入中國醫藥企業100強第18名，浙江省醫藥企業中企業規模位列第壹位，經營業績位列第二位
以“服務大眾健康”為己任，致力於藥品的開發、生產和貿易，不斷推出療效顯著、劑型先進的藥品。杭州中美華東制藥有限公司生產的人工發酵冬蟲夏草制劑（百令膠囊）能有效提高人體免疫機能，是國家中藥壹類新藥，擁有自主知識產權；環孢素微乳化制劑口服液、軟膠囊（新賽斯平）是器官移植領域抗排異反應首選藥物；阿卡波糖片（卡博平）是治療糖尿病藥物；泮托拉唑鈉腸溶膠囊、粉針劑（泮立蘇）是治療消化道出血藥物；杭州九源基因工程有限公司生產的重組人粒細胞集落刺激因子註射液（吉粒芬）能有效提高白細胞數量；杭州默沙東制藥有限公司生產的註射用亞胺培南/西司他丁鈉鹽（泰能）是臨床急救領域抗感染藥物，辛伐他汀片（舒降之）是降低血脂藥物，非那雄胺片（保列治）是治療前列腺疾病藥物，非那雄胺片（保發止）是治療脫發藥物；杭州朱養心藥業有限公司生產的治傷膠囊是根據400年傳統工藝秘方制作的純中藥制劑，國內獨家生產，成為治療骨傷科鎮痛消炎的良藥，國家中藥保護品種。
2007年來，杭州華東醫藥集團有限公司在人、財、物等方面進行適應時勢的改革，根據市場要求，進行產品結構調整。註重生產、營銷、科研與管理全面發展，人與企業和諧相處。4月，開展以“解放思想、轉變觀念、破除迷信、提高認識”為中心內容的整頓,促進華東醫藥集團再持續、快速發展。