處方調配的程序為收方、劃價、調配、核查和發藥。
1、其他必要檢查程序：
對規定必須做皮試的藥物，處方醫師是否註明過敏試驗及結果的判定。處方用量與臨床診斷的相符性，劑型與給藥途徑，是否有重復給藥現象，是否有潛在臨床意義的藥物相互作用和配伍禁忌。
2、調配藥品步驟：
仔細閱讀處方，按照藥品順序逐壹調配。對貴重藥品及麻醉藥品等分別登記帳卡。藥品配齊後，與處方逐條核對藥名、劑型、規格、數量和用法，準確規範地書寫標簽。調配好壹張處方的所有藥品後再調配下壹張處方，以免發生差錯。
對需要特殊保存的藥品加貼醒目的標簽提示患者註意，如“置2-8℃保存”。在每種藥品外包裝上分別貼上用法、用量、儲存條件等的標簽。核對後簽名或蓋章。法律、法規、醫保、制度等有關規定的執行情況。
特殊調劑：根據患者個體化用藥的需要，藥師應在藥房中進行特殊劑型或劑量的臨時調配，如稀釋液體、磨碎片劑並分包、分裝膠囊、制備臨時合劑、調制軟膏等，應在清潔環境中操作，並作記錄。
住院醫囑：
1、醫囑的調配：
壹般采取每天調配的方式發放長期醫囑藥品，臨時醫囑需要急配急發。住院患者口服藥按每次用藥包裝，包裝上應註明患者姓名和服藥時間。需提示特殊用法和註意事項的藥品，應由藥師加註提示標簽或向護士特別說明。
2、出院帶藥的處方調配：
審核出院帶藥處方，包括患者姓名、病案號、藥名、劑量、用法用量、療程、重復用藥、配伍禁忌等。加註服藥指導標簽。逐步開展出院患者用藥教育，提供書面或面對面的用藥指導。
在藥品外包裝袋上應提示患者：當療效不佳或出現不良反應時，及時咨詢醫生或藥師。告知醫院及藥房電話號碼。