(2)與農業部的職責分工。農業部門負責食用農產品從種植、養殖到進入批發、零售市場或者生產加工企業的質量安全監督管理，並在職責範圍內負責獸藥、飼料、飼料添加劑等農業投入品的質量和使用的監督管理。食用農產品進入批發零售市場或者生產加工企業後，由食品藥品監督管理部門進行監督管理。農業部門負責畜禽屠宰和生鮮乳收購的質量安全監督管理。兩部門建立了食品安全追溯機制，加強協調和工作銜接，形成監管合力。
(3)與國家衛生計生委的職責分工。1.國家衛生計生委負責食品安全風險評估和食品安全標準制定。國家衛生計生委會同中國食品藥品監督管理局等部門制定並實施食品安全風險監測計劃。中國食品藥品監督管理局應及時向國家衛生計生委提出食品安全風險評估建議。國家衛生計生委通過食品安全風險監測或者接到報告發現食品可能存在安全隱患的，應當立即組織檢驗和食品安全風險評估，並將食品安全風險評估結果及時通報中國食品藥品監督管理局。中國食品藥品監督管理局應該對被認定為不安全的食品立即采取措施。需要制定或修訂相關食品安全標準的，國家衛生計生委要盡快制定和修訂。完善國家食品安全風險評估中心法人治理結構，完善董事會制度。2.中國食品藥品監督管理局會同國家衛生計生委組織國家藥典委員會，制定國家藥典。3.中國食品藥品監督管理局將與國家衛生計生委建立重大藥品不良反應相互通報機制和聯合處置機制。
(4)與質檢總局的職責分工。1.質檢總局負責食品包裝材料、容器、食品生產經營工具等食品相關產品生產加工的監督管理。質監部門發現食品相關產品可能影響食品安全的，應當及時通知食品藥品監督管理部門，食品藥品監督管理部門應當在食品生產、流通和消費環節立即采取措施予以處理。食品藥品監督管理部門發現食品相關產品可能引發食品安全問題時，應當及時通知質量監督部門，質量監督部門應當立即采取措施，在食品相關產品生產加工過程中予以處理。2.國家質檢總局負責進出口食品的安全、質量監督檢驗和監督管理。進口食品和食品相關產品應當符合中國食品安全國家標準。國家質檢總局應當收集和匯總進出口食品安全信息，並及時通報中國食品藥品監督管理局。發生在中國境外的食品安全事件可能對中國境內產生影響，或者在進口食品中發現嚴重食品安全問題的，國家質檢總局應當及時采取風險預警或者控制措施，並通報中國食品藥品監督管理局，中國食品藥品監督管理局應當及時采取相應措施。
(五)與國家工商行政管理總局的職責分工。食品藥品監督管理部門負責對藥品、醫療器械、保健食品的廣告內容進行審查，工商行政管理部門負責對藥品、醫療器械、保健食品的廣告活動進行監督檢查。食品藥品監督管理部門應當對其批準的藥品、醫療器械、保健食品廣告進行檢查。對違法廣告，應當通報工商行政管理部門，並提出處理建議。工商行政管理部門應當依法處理，兩部門應當建立健全協調機制。
(6)與商務部的職責分工。1.商務部負責制定藥品流通發展規劃和政策，中國食品藥品監督管理局負責藥品流通監督管理，並配合實施藥品流通發展規劃和政策。2.商務部負責制定促進餐飲服務和酒類流通發展的規劃和政策，中國食品藥品監督管理總局負責餐飲服務食品安全和酒類食品安全的監督管理。3.商務部在發放藥品類易制毒化學品進口許可證前，應當征得中國食品藥品監督管理局同意。
(7)與公安部的職責分工。公安部負責組織和指導食品藥品犯罪案件偵查工作。中國食品藥品監督管理局和公安部建立了行政執法和刑事司法的聯動機制。食品藥品監督管理部門發現食品藥品違法行為涉嫌犯罪的，應當按照有關規定及時移送公安機關，公安機關應當及時進行審查，依法作出是否立案的決定。公安機關依法請求食品藥品監督管理部門協助檢驗、鑒定、認定的，食品藥品監督管理部門應當予以協助。
(八)下屬機構的設立、職責和編制另行規定。
補充條款
本規定由中央機構編制委員會辦公室負責解釋，其調整由中央機構編制委員會辦公室按規定程序辦理。